使用命令pwd检查当前目录的位置如果当前目录不是Course_Materials，那么使用cd(更改目录)命令导航到Course_Materials目录:
# pwd
# cd~/Course_Materials/RNAseq
使用ls列出目录的内容。应该有一个名为fastq的目录
使用ls列出fastq目录的内容:
# ls fastq
SRR7657883.sra_1.fastq.gz SRR7657883.sra_2.fastq.gz
您应该看到两个 fastq 文件。这些是我们将使用的样本之一的读取 1 和读取 2 的文件
使用mkdir命令为QC结果创建一个新的目录QC:
# mkdir QC
在其中一个fastq文件上运行fastqc:
fastqc fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz
前面的命令将报告写入到fastq目录—fastqc的默认行为。我们希望它在QC目录中。
使用rm (remove)命令删除
还要删除相关的zip文件
# rm SRR7657883.sra_1_fastqc.html
# rm -f fastq/SRR7657883.sra_1_fastqc.zip
再次运行FastQC，但这一次:让FastQC同时分析两个fastq文件。您需要在序列文件名之前添加-t 2。参见fastqc——help来了解这个选项。
尝试使用-o选项将报告写入QC目录。
# fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_1.fastq.gz fastq/SRR7657883.sra_2.fastq.gz
或者更简单地，我们可以使用*通配符:
# fastqc -t 2 -o QC fastq/SRR7657883.sra_*.fastq.gz
在浏览器中打开html报告，或运行下面代码查看
# firefox *_fastqc.html
看看是否可以回答以下问题:
A)读长是多少?
B)质量评分是否随着阅读长度的变化而变化?
C)数据的质量如何?
总的来说,很不错。
