中世纪是欧洲自公元5世纪西罗马帝国灭亡到公元15世纪文艺复兴之间的一千年，人们一提到中世纪就联想到战乱、瘟疫、迫害、肮脏、贫穷、酷刑等令人恐怖的词汇，因此中世纪被称为黑暗时代。
正所谓，黑暗过去就是光明，混乱之中孕育希望。近代科学正是在中世纪的混乱中孕育的，并在文艺复兴之后一飞冲天。曙光出现在公元12世纪，欧洲人将阿拉伯人从西班牙半岛赶走，并在此处发现了古希腊众多哲学和科学典籍的阿拉伯译本，欧洲学者们如获至宝，迅速展开了欧洲翻译运动，古希腊科学思想再次在欧洲大陆传播开来。研究欧洲历史的学者，普遍将这一时期称为“12世纪文艺复兴”，其核心就是翻译运动和大学体制的形成，它们改变了欧洲文化的整体面貌，也直接导致了近代科学在欧洲诞生。
今天，我们回顾这段历史，感觉其中有很多令人困惑的地方。
首先是大学，它的最初形态是教师或学生自发组织的行会，纯粹的民间组织。但在长达200年的岁月里，这个民间组织却能够与当地的城主、修会斗争，乃至与国王、教皇抗衡，并且最终赢得了大学的自治权，形成了大学体制。
更令人困惑的是基督教，在帝国时代，宗教和科学是对立的，并且无一例外，都是宗教获胜。在罗马帝国，基督教被立为国教，柏拉图学园则被关闭，学者被驱逐。基督教战胜科学，是信仰和权威战胜了理性和自由。到中世纪，欧洲大陆已经是基督教世界了，异教徒被消灭，无神论者还没有出现。这时，以托马斯 阿奎那为代表的一群神学家却试图采用逻辑推理的方式证明上帝真实存在，并引发了唯实论和唯名论之间的广泛的大辩论，最终引发了人文主义思潮，催生了近代科学的诞生。
中世纪是在黑暗中孕育希望的时代，皇权和教权都在这个时代衰落，社会逐渐多元化。在科学发展史中，中世纪是奠基和酝酿的时代，当代科学的思想、方法都来源于中世纪。
