事情发展到这个时候，讲学的人有了，听学的人有了，用来讲学听学的场所也有了。按理说应该是万事俱备了吧。顾宪成认为光有这些是远远不够的，为了使这个书院更加正规，更加有文化气息，更加的贴合当时的时代背景。顾宪成给书院定下了宗旨和一些具体规章制度。宗旨大致为：1、举贤育才2、博采众长，不拘一家之言3、关心国事。概括为一句话就是书院的创办人顾宪成给题写的那幅妇孺皆知的对联：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”
重修后的东林书院，主要建筑有：书院大门、石坊、泮池、仪门、丽泽堂、依庸堂、典籍室、祭器室、左右长廊等。各堂室内桌凳案几、图书典籍、钟鼓祭器等及匾额楹联一应俱全。院内遍植松柏梓柳、桂梅桐竹等。整个书院环境清幽，是绝佳的讲学之地。
东林书院不仅环境优雅，而且订立了一套相对完善的院规和会约仪式。同年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会（可不是武林大会），制定了《东林会约》，顾宪成任东林书院首任主讲。
《东林会约》规定，东林书院每年一大会、每月一小会，严寒酷暑除外，定期开展会讲。据史料记载，当年的讲课方式灵活多样，有时是演讲形式，有时候穿插一段诗歌鉴赏，有时候还会添加提问环节和集体讨论环节，分享感悟，交流心得。这得亏那个年代不兴电脑，不然他的课可能发展成视频授课，语音授课也未可知。百家讲坛一定会有他一席之地的。
东林书院并不拘于一家之言，恰恰相反，他们博采众长，去短存长，去粗取精，讲课内容不仅有儒家经典，还有常见的自然地理知识和具体的应用理论，同时他们还评议当时政事，要求理论联系实际（好超前的理论有木有）。东林书院简直就是那个时代的舆论导向标有木有。一时间，东林书院学者云集、士绅汇聚。
古语云：树大招风，人怕出名猪怕壮。发展着发展着，东林书院的名声就大了起来，名声一大，自然而然就引起了朝野的瞩目。一些对他们不怀好意的人借机指讦他们。如果说这些指讦是空穴来风，那是对历时不负责任。美其名曰东林书院，看似只做学术交流，但参与其中的人往往身份不凡，官贾士绅各色人等都有，既然有官员，就必然与政治有着千丝万缕的联系。那时的东林书院整日弥漫着一种愤世嫉俗的味道，一群愤青聚在一起讲学还能有什么好事儿（顾宪成就是那个时代最大的愤青）？
