今天是学习conda的应用
1.先是下载、安装
cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
image.png
2.激活conda，这一步很关键
source ~/.bashrc
出现base，应该是成功了
image.png
3.查看是否安装成功
conda list
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4.使用conda安装其他软件，在RNA-seq的环境下
conda info --envs
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
conda activate rna-seq
conda install fastqc -y
conda remove fastqc -y
image.png
激活环境变量并安装软件
image.png
删除软件
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5.conda要记得换镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
image.png
