蓝藻本身没有多少危害，就怕蓝藻老化形成水华。蓝藻形成水华时，蓝藻已经处于濒死状态，一方面将严重抑制浮游植物利用光合作用产生氧气，另一方面也阻隔空气中的氧进入水体，导致水体中溶解氧严重不足。长时间出现缺氧或亚缺氧状态，会使水体持续恶化，进一步破坏水质，水生生物窒息而亡，造成生态失衡。而最为严重的问题是，某些有毒蓝藻死亡释放大量的藻毒素，使养殖动物暴发病害或中毒死亡！虽然目前蓝藻水华大多归咎于水体的氮、磷和有机污染，但在池塘养殖过程中蓝藻水华的出现也不尽是富营养化所造成的。有些水质属性本身就更容易生长蓝藻，但只要蓝藻不老化，不形成水华，不产生藻毒素，池塘中蓝藻数量的多少并没有任何问题。想控制好蓝藻，避免老化和形成水华，必须了解蓝藻的特性。
形成水华的蓝藻的生物学特性:
（1）拥有碳酸酐酶，一种催化碳酸氢根分解为二氧化碳和水的酶：
（2）完善的光氧化保护系统。
（3）具固氮酶系。
（4）具伪空泡。
（5）个体微小。
（6）藻毒素。
根据蓝藻的生物学特征，在“营养过剩”和“营养不平衡”条件下，蓝藻具有独特的生存生长优势。环境越是恶劣，蓝藻就越有优势。所以，如果池塘管理者不能很好地解决这两个问题，池塘滋生蓝藻就不可避免。
生态的“平衡”是相对的，“不平衡”是绝对的。对于出现过多的藻类，上策是通过生态条件调节，使之失去优势而降低数量，回到平衡状态，这就是日常“水质调节”的任务。如果我们采用“药物杀灭”的方法而没有改变环境条件，药效过后长出来的还是这些藻类。一方面，可能由于药物对其它本来就不具备优势的藻类的伤害，更加失去生存竞争能力；另一方面，想杀掉的藻类也会逐渐产生对化学杀藻药物产生抗药性。其结果就是越杀“有害藻类”就越多。
提高总碱度，蓝藻拥有碳酸酐酶从而对二氧化碳具有极高亲和力的优势就没有作用了。水体二氧化碳供应充裕，有利于提高藻类种群的多样性。提高总碱度可以提高各种藻类的光合作用速度，意味着这种水体很容易培藻。这又可能出现新的问题：大量藻类的快速光合作用，导致局部出现包括二氧化碳在内的营养素缺乏。提高总碱度、促进水体流转，可非常有效地提高池塘的光合作用效率，加速藻类的生长速度。当然，也加速了池塘水体中的微量元素向池塘底部沉淀物转移与沉积，加速了池塘水体微量元素耗竭的速度，产生了新的问题。提高碱度、促进水体流转、搅动底部加速微量元素的周转，为各种藻类的持续高效光合作用提供了有利条件，必然大幅度提高初级生产力。但是，如果次级生产力，即藻类的消费速度跟不上藻类的繁殖速度，必然引起藻类过剩，池塘生态系统还会出问题。
初级生产力与次级生产力之间需要相互匹配，生态系统才能处于相对稳定的状态。因此，实行蓝藻水华生态控制的方案中，次级生产力必须与初级生产力同时提高。即池塘从一开始就必须配套与初级生产力相适应的滤食性鱼类（鲢和鳙）的生物量，不是简单数量上的增加，而是规格上的配套，以维持持续、高效光合作用、快速的藻类生长繁殖与消费之间的平衡。
池塘生态系统中的每一个环节之间都是密切关联的。蓝藻水华控制四部曲——提高碱度、促进流转、搅动底部和轮捕轮放，是环环相扣的，牵一发而动全身。如果将这四部曲联系在一起，我们可以发现，这是一个高效光合作用系统！蓝藻水华的控制本质上是维持生态系统的高效光合作用与初级生产力和次级生产力生物量相对平衡的状态，从而提高池塘生态系统的生态效率与稳定。这是一个系统工程，环环相扣，没有任何一种单一的手段可以解决所有生态问题。不要相信世界上有是么一种灵丹妙药可以彻底解决蓝藻水华的问题。任何通过药物杀灭蓝藻来控制水华的手段都只能是饮鹫止渴！
