灵帝下诏，征发南匈奴兵，分配给刘虞，去征伐张纯。南匈奴单于羌渠派遣左贤王率领骑兵赴幽州听候调遣。匈奴人害怕以后不断征发兵员，于是右部落反叛，与屠各胡部落联合，共有十余万人，进攻并杀死羌渠。匈奴人立羌渠的儿子右贤王於扶罗为持至尸逐侯单于（於扶罗，就是五胡乱华十六国时代前赵帝国刘渊的祖先）。
夏，四月，罢免太尉曹嵩。五月，任命永乐少府南阳樊陵为太尉；六月，将他免职。
益州人马相、赵祗等在绵竹起兵，自称为“黄巾”，杀死刺史郤俭，进攻巴郡、犍为，不过一个月，连破三郡，有部众数万人，马相自称天子。益州从事贾龙等率领官吏及百姓进攻马相等，几天后将他们打败，马相等逃跑，益州界内安宁。贾龙于是选派官兵去迎接刘焉。
刘焉将州府迁到绵竹，招抚离散叛乱的百姓，为政宽容，施行恩德，以收揽人心。
[点评]
刘焉命比较好，上任之前，平叛已经结束，他不费吹灰之力把什么都得到了。刘焉一到任就投入到治理工作中，他广施“仁政”，收买人心，为儿子刘璋割据益州做准备。
七个郡国发大水。
已故太傅陈蕃的儿子陈逸与法术家襄楷在冀州刺史王芬处见面，襄楷说：“从天象来看，不利于宦官，那些黄门、常侍们真的要被灭族了。”陈逸对此非常高兴。王芬说：“如果真是这样，我愿意充当干这件事的先锋。”就与各地的豪杰互相联系，上书说黑山地区的盗贼攻打抢劫他属下的郡、县，想以此为借口起兵。正好灵帝想到北方来巡视他在河间的旧居，王芬等计划用武力来劫持灵帝，杀死那些常侍、黄门，然后废黜灵帝，另立合肥侯为皇帝。
王芬等将这个计划告诉议郎曹操。曹操说：“废立皇帝是天下最不吉祥的事。古代，有的人衡量轻重、计算成败后施行，伊尹和霍光便是如此。这两个人都满怀忠诚，以宰相的地位，凭借执政大权，加上同众人的愿望一致，故此能实现计划，成就大事。如今，各位只看到他们当初的轻而易举，而未看到现在的困难。用这种非常的手段，想一定达到目的，难道不觉得危险吗？”
王芬又邀请平原人华歆、陶丘洪来共同策划。陶丘洪准备动身，华歆进行劝阻，说：“废立皇帝的大事，伊尹、霍光都感觉很困难。何况王芬疏阔而又缺乏威武气概，这次举动一定会失败。”陶丘洪于是没有去。
这时候，北方天空在半夜时候有一道赤气，从东到西，横贯天际，负责观测天象的太史上书说：“北方地区有阴谋，陛下不宜去北方。”灵帝于是作罢，命令王芬解散已集结的士兵。不久，征召王芬到洛阳去。王芬害怕，就解下印绶逃亡，跑到平原时自杀了。
[点评]
曹操提到的伊尹与霍光，这两人都干过一件大事，就是废立过皇帝。他们的废立皇帝并不是取而代之，更不是为了改朝换代。伊尹放王上太甲面壁思过三年，并亲身施教令其改过自新后，又将权力放还；而霍光废刘贺实在是因为这人太过荒淫无度，即位二十七天内，就干了一千一百二十七件荒唐事。无论是否是出于私心，这两人都称得上为国为民干了废立皇帝的事。不过废立皇帝这事在三国的时候不算稀奇，因为马上董卓就要干，干完了曹操还要干，接着他儿子曹丕也要干，然后又轮到他玄孙曹髦被干，而且是直接被干掉，还有接下来的司马昭、司马师，他们确确实实只是为了个人的一己私欲。
三国时期如果你本人不是特别牛逼或者你没有几个特别忠心特别能干的辅将，想废立皇帝，那是风险极高、成功概率很低的事情。曹操与华歆一看王芬，根本不是那块料，果然，还没有举事，就呜呼哀哉了。不过，王芬的想法是否给曹操后来“挟天子以令诸侯”以启发。这是不得而知了。
秋，七月，任命射声校尉马日磾为太尉。马日磾，是马融的族孙。
秋，八月，开始设置西园八校尉，任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍为中军校尉，屯骑校尉鲍鸿为下军校尉，议郎曹操为典军校尉，赵融为助军左校尉，冯芳为助军右校尉，谏议大夫夏牟为左校尉，淳于琼为右校尉，都归蹇硕统领。灵帝自黄巾军起事以后，开始留心军事。蹇硕身体壮健，又通晓军事，很受灵帝信任，连大将军也要听从他的指挥。
[点评]
东汉此前只有五部校尉，分别为屯骑、越骑、步兵、长水、射声校尉，受北军中候管辖， 汉灵帝设立西园八校尉实际上是为了制衡当时的大将军外戚何进所设立的官职；分化何进的兵权。
九月，罢免司徒许相，任命司空丁宫为司徒，光禄勋、南阳人刘弘为司空。任命卫尉、条侯董重为车骑将军。董重，是永乐太后（皇帝的生母董太后）哥哥的儿子。
冬，十月，青州、徐州黄巾军再次兴起，寇掠郡县。
用观察云气来预言吉凶的法术家认为，京城洛阳将有兵灾，南北两宫会发生流血事件。灵帝想通过法术来压制，于是大批征调各地的军队，在平乐观下举行阅兵仪式。修筑一个大坛，上面立起十二层的华盖，高达十丈；在大坛的东北修筑了一个小坛，又立起九层的华盖，高九丈。步骑兵数万人列队，设营布阵。
十月十六日，灵帝亲自出来阅兵，站在大华盖之下，大将军何进站大小伞盖之下。灵帝亲自披戴甲胄，骑上有护甲的战马，自称“无上将军”，绕军阵巡视三圈后返回，将武器授予何进。
灵帝问讨虏校尉盖勋说：“我这样检阅大军，你觉得怎样？”盖勋回答：“我听说从前圣明的君王显示恩德，不炫耀武力。如今，贼寇都在远地，陛下却在京城阅兵，不足以显示消灭敌人的决心，只表现为黩武罢了。”灵帝说：“你的看法很对，可惜我见到你太晚，群臣当初没有讲过这样的话。”
盖勋对袁绍说：“皇帝很聪明，只是被他左右的人蒙蔽住了。”他与袁绍密谋一起诛杀宦官。蹇硕感到恐惧，将他调离京城，派到长安去担任京兆尹。
[点评]
阅兵仪式劳民伤财。叛乱四起，大厦将倾，灵帝想到的居然是把各州郡的部队集合起来阅兵？这是没脑子的事情。
盖勋与袁绍的想法一拍即合，袁绍的两个叔叔（袁逢、袁隗）都是通过巴结宦官位列三公，应该说是既得利益者，按说袁绍也是直接受益者， 那么他为什么这样痛恨阉党呢？袁绍年轻时喜欢结交天下名士，其中多有党人，他受到的影响颇深，后来进入官场目睹宦官种种孽行，更加深了他对宦官的仇恨。
十一月，王国包围陈仓。皇帝下诏，再次拜皇甫嵩为左将军，督促前将军董卓，合兵四万人征讨。
张纯与乌桓酋长丘力居在青、徐、幽、冀四州境内到处抢掠。灵帝下诏命骑都尉公孙瓒进行讨伐。公孙瓒在辽东属国的石门山与他们交战，张纯等大败，丢弃妻子儿女，越过边塞逃跑。他们所抢掠浮虏的男女百姓，都被公孙瓒夺回。公孙瓒乘胜深入追击，但没有后援，反被丘力居等包围在辽西郡管子城，过了二百余日，粮尽而全军溃散，士兵死亡了十分之五六。
董卓对皇甫嵩说：“陈仓形势危急，请赶快救援。”皇甫嵩说：“不然，百战百胜，不如不战而胜。陈仓虽小，但城垣坚固，守卫严密，不容易攻破。王国兵力虽强，但攻不下陈仓，部众必然疲乏，我们乘他们疲乏，发动攻击，这是获得彻底胜利的策略，用得着什么援救呢！”
王国围攻陈仓八十余天，未能攻破。
中平六年（公元189年）
春季，二月，王国的部队疲惫不堪，解围撤退。皇甫嵩下令进军追击，董卓说：“不行。兵法上说：‘穷寇勿迫，归众勿追。’”皇甫嵩说：“不然，以前我们不进攻，是躲避他们的锐气；现在发动进攻，是等到他们士气已经低落。我们现在所攻击的是疲惫之师，而不是‘归众’；王国的部队正要逃走，已无斗志，并不是‘穷寇’。”于是皇甫嵩独自率军进击，命令董卓作后援。皇甫嵩边连续进攻，大获全胜，斩杀一万多人。
董卓大为羞惭恼恨，从此与皇甫嵩结下仇恨。
韩遂等人共同废掉王国的首领地位，胁迫前信都县令汉阳人阎忠担任首领，统率各部。阎忠病死，韩遂等人逐渐争权夺利，继而互相攻杀，于是势力逐渐衰弱。
[点评]
董卓看似熟读兵法，其实是草包，和马谡赵括一路货色。
穷寇勿迫，出自《孙子·军争》：“穷寇勿迫，此用兵之法也。” 穷寇勿迫，不是穷寇莫追，方向不同。迫，是挡在他前面；追，是跟在他后面。敌军穷极逃亡，你跟在后面追杀，他们人人只想快逃，越快越好，越远越好，所以没有斗志，没人停下来跟你战斗。如果是“迫”呢，你拦住他求生的退路，他人人都要跟你拼命，这样你就占不到便宜，反而造成自己不应有的损失。所以“围师必阙”，即便是打包围战，我们包围了敌人，也一定要留一个缺口给他逃跑，等他跑，再跟在后面追杀。如果把他全部围死，不要跑掉一个，他就视死如归，置之死地而后生，即便最后你把他们全部杀光了，恐怕自己兵员损失比他还大。
皇甫嵩做得非常对，先是避其锐气，然后是击其惰归，这才是兵法教科书式的打法。 皇甫嵩一时名将，用兵稳健，善于捕捉战机，懂得兵法应当因时因地制宜。若能再活上二十年，应当能与三国后来的名将一争高下。
董卓虽然是读过兵书的，但却是一知半解。然而他不但没有检讨自己对兵法的理解过于肤浅和皮毛，反而恼恨皇甫嵩比自己高明，从此在心里与皇甫嵩结下了仇恨。所以说，君子和小人相处，都不知道什么时候就引起了小人的不满和怨恨，这并不在于君子有多坦荡和直接，而在于小人的心胸有多狭隘！
