一、预安装bedtools
因为barrnap依赖于bedtool和nhmmer，所以额就傻到先去安装bedtools了，结果从github上下载最新版本2.29，报错，因为额的系统版本低，软件版本高，不兼容。
所以额就退而求其次下载2.25版本了，手动安装，还挺顺利的。（代码从github上获取）
wgethttps://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gz
tar xzvf v2.25.0
cd bedtools2-2.25.0/
make
cd bin/
export PATH=$PWD:$PATH#直接这样输路径好像不管用，并没有将路径输进去，也有可能是我操作问题echo $PATH #先查看一下有没有路径，后来再来一遍方便对照
vim ~/.bashrc #我是打算直接永远生效的，所以vim修改
在最后一行加上：补充上这个软件的安装路径到bin为止
source ~/.bashrc #source之后，直接生效
echo $PATH #此时在返回的最前面可以看到路径
输入bedtools（或者加上-h），如果返回有提示，而不是出现command not found，那么就算是安装好了。
插一句话：这两种export的格式应该是一样的吧？
export PATH=$PATH:~/software/eggnog-mapper/bin
export PATH=~/transcriptome/soft:~/conda/bin:$PATH
参考这篇路径的配置方式linux可执行文件添加到PATH环境变量的方法https://www.cnblogs.com/henrylinux/p/9746818.html
二、conda直接安装（大转折！额真是太意外了，毕竟要买智商税！）
当我满心欢喜的要去安装我们的主题barrnap的时候，我上去github上，结果此网页下面说可以conda安装。嗯，是的，明明一行代码就能解决的事情，我为什么要手动呢？！！主要是，当我看到barrnap下面要求bedtools的版本要>=2.7的时候，我哭聊。
conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap
不过好在conda好就好在，你拿它安装，你欠缺的辅助软件只要你yes，他会帮你自动安装，我的就是自动安装的，帮我安装上了bedtools-2.28.0版本，省的我哭了；还有就是不用管配置，直接帮我配置到我家目录下的conda的bin下
barrnap -h #有提示，说明我安装成功了
which bedtools #查看一下我的路径
~/conda/bin/bedtools #显示在这里
还有之前说的nhmmer，应该也是随着一块儿下了,
nhmmer -h #有提示
which nhmmer #返回的路径~/conda/bin/bedtools
脑残的我之前以为nhmmer是hmmer，而且之前我确实检索服务器，确实没有nhmmer（当时竟然蠢到不行手动安装，但是我百度也没百度到）。
三、barrnap使用
参数的话可以 --help查看
--kingdom参数指定物种类型，bac代表细菌，arc代表古菌，euk代表真核生物，mito代表后生动物线粒体；--threads指定并行的线程数，预测结果以GFF3格式保存。
（关于线程数的浅解：线程数，就是核心数，跟人的脑子一样，核心数2就说明CPU有两个脑子。脑子越多解决问题速度越快。CPU的核心数越高处理速度就越高。核心数2通俗地说就是双核CPU了。但自超线程技术问世后，一个核心可以同时2个线程了。使CPU性能上升百分之40。----摘自百度百科
但是也不是线程数越高越好，要看服务器的配置）
barrnap --kingdom bac --threads 8 --quiet SXXXXXXXX011.fas > 011rRNA.gff3
#1）其实我在纠结输入的文件格式fas是不是对的；2）在所要分析的文件目录下运行
barrnap --kingdom bac --threads 8 --quiet S115.fas > 115rRNA.gff3
barrnap --kingdom bac --threads 8 --quiet S114.fas > 114rRNA.gff3
barrnap --kingdom bac --threads 8 --quiet S108.fas > 108rRNA.gff3
barrnap --kingdom bac --threads 8 --quiet S111.fas > 111rRNA.gff3
按道理该得到三个文件，但是我没有得到5s的文件，所以不知道为什么。可能是我的序列的问题，也可能是做个饭软件的问题吧（毕竟我搜的时候这个软件的相关信息就很很少，感觉很小流的样子）。
参考：
1、barrnap:预测基因组上的核糖体RNAhttps://www.jianshu.com/p/315a7bcc93dc
2、bedtools 的安装与使用庐州月光https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5051503.html
关于这块儿基本也就这些了，后期的分析还没做到，再补一期分析。
