1.创建python3.5环境、安装工具

conda create -n mutmap python=3.5  mutmap

2.准备文件

参考基因组（水稻）：reference.fasta

野生型：10079  

分离群体混池：Rice_H304-R06_good

3.分析

mutmap -r reference.fasta -c 10079_1_clean.fq,10079_2_clean.fq -b Rice_H304-R06_good_1.fq,Rice_H304-R06_good_2.fq -n 20 -o example_dir

#  -n 20   突变体的个体数量

#    -o example_dir  输出位置

# 若需要对fq文件进行修剪，则在最后加上  -T

4.结果

输出文件目录

参考：https://github.com/YuSugihara/MutMap