菊粉是一种天然的水溶性膳食纤维，几乎不能被胃酸水解和消化，只有在结肠被有益微生物利用，从而改善肠道环境，所以如果产品含有菊粉，却不含有有益菌，则菊粉就变成有害菌的食物而滋生毒素，有机会伤害肝脏。因而，使用菊粉，必须伴随着益生菌。
菊粉在自然界中的分布十分广泛，某些真菌和细菌中也含有菊粉，但其主要来源是植物。人们日常食用的植物如：洋葱、大蒜、香蕉、小麦等都含有菊粉。然而，菊粉在自然界主要存在于菊科植物中，菊芋（俗称洋姜，国产菊粉的主要原料）含量为14%-19%，菊苣（欧洲菊粉主要原料）含量为15%-20%。天然状态的菊粉，是安全的。高度提纯的，可能引起肠菌的变化。有可能食用含有菊粉的成分，是需要额外补充乳酸菌的
