conda--“linux的应用商店”

1. 检查有没有bzip2（一个压缩软件）

直接输入bzip2，如果有会显示

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输入yum install -y bzip2可以安装

2. 下载miniconda（官网可直接下载）

使用weget命令+下载链接

3. 安装：bash命令 + Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

4. 最后激活：输入source ~/.bashrc命令

使用conda安装软件

1. 查看当前所有软件列表 conda list

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2. 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】

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3. 安装软件 conda install fastqc -y 【加上-y是自动安装】

如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

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4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

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conda 环境

1. 查看当前环境conda info --envs

   image.png

2. 比如建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，并安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
   conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

3. 再次查看当前环境：
   image.png

4. 切换到新环境conda activate rna-seq
   退出当前环境conda deactivate

5.卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y
卸载环境conda remove -n rna-seq --all(需要先退出当前环境再删除)