不管是否实施浙江MES系统，BPR都是必要的。但是，由于 浙江MES系统 是一个覆盖企业业务全流程的信息化管理系统，从浙江MES系统的性质上来讲，同BPR的关系更为密切。
哈默教授在他的2001新版《重组公司》一书中除了有三章重新选了案例改写以外，其他章节没有改动，但是书的前言却重新写过。新版前言里着重提到：“与重组相关的最重要的技术是MES系统的应用，一种由软件支持的集成系统不仅支持单项的业务，而且支持完整的业务流程。尝试实施浙江MES系统的公司，如果不是事先或同步地进行业务流程重组，将会对实施的结果感到失望”。
这里，Hammer说的是“事先或同步”，而不是“非要”先BPR才能开始MES。事实上，国内不少企业在处理BRP和浙江MES系统的关系上，采取的步骤是：
· 如实地描述现有的业务流程（这是绝对必要的第一步）
· 找出现有业务流程的症结和原因所在
· 提出一个理想的业务流程或解决方案
· 先着手改进不需要信息技术支持的业务流程
· 实施MES
· 然后改进需要浙江MES系统支持的业务流程
实施了浙江MES系统，实现了信息集成和实时共享，信息传递的速度加快了，信息处理的层次减少了，必然会对一些业务流程提出新的要求；也就是说业务流程必须与信息技术的应用相匹配。
实施浙江MES系统以后，说明必须重组业务流程和精简机构最典型的例子就是编制生产计划。在手工管理模式下，销售、生产、供应甚至车间等许多部门都要编制计划；但是MES系统借助时间坐标产品结构的模型，把销售、生产和采购供应三项主要核心业务集成到一起，只要有了销售计划，生产和采购计划通过系统运算自然就生成了，情况发生变化，信息反馈上去，很快就调整了。许多企业，原来销售、计划、生产、供应等多个部门都要编制计划，现在由一个部门就可以完成了。这种情况，如果业务流程不改变，由一个部门能够完成的工作，如果非要由几个部门去做，非乱套不可；就像高级轿车在坎坷泥泞的道路上行驶，马力再大也跑不快。事实上，一些制造业在实施浙江MES系统后，都撤销了一个部门，在信息技术的支持下，组织机构扁平化了，业务流程缩短了，对环境变化的应变能力极大地提高，客户满意度也自然相应地提高。换句话说，解决了3C问题。
