临床基因扩增检验实验室——甲状腺乳头状癌 V600E突变检测

在分子检测过程中,发现甲状腺乳头状癌的发病年龄出现年轻化。饮食因素和环境因素可能是导致其高发的外部原因。

    甲状腺乳头状癌是当前发病率最高的一类甲状腺癌(约占80%),其中Braf V600E突变是其常见的突变位点,该位点的分子检测在临床甲状腺癌中起到辅助诊断的作用,并提示预后不良。

一. Braf基因简介

    Braf基因编码细胞中丝/苏氨基酸特异性激酶,与细胞的生长、分化、凋亡等细胞生命过程密切相关。在多种肿瘤中Braf被发现作为致癌基因发挥作用,包括非霍奇金淋巴瘤,结直肠癌,甲状腺癌,非小细胞肺癌等。

    Braf是EGFR信号通路上的信号转导因子,其基因组上的突变位置发生在7号染色体15外显子1799位核苷酸上(T->A,T1799A),对应到氨基酸序列的第600位密码子上(V:缬氨酸->E:谷氨酸)。当发生基因突变时,Braf激酶活性被持续激活,导致其参与的信号通路处于异常激活状态,造成细胞功能异常,这是Braf基因突变致癌的分子机制。

二. Braf分子检测

样本要求:超声引导下的细针穿刺,细胞涂片,细胞量>20~30个;或石蜡组织样本。

分子实验前的病理预判断:巴氏染色(为主)或HE染色,细胞核异型性增加,呈毛玻璃状,核内有明显包涵体和核沟,伴有砂粒体,细胞呈乳头状生长。


细胞收集方法:电子显微镜下画出待检测位置,使用加热垫化胶,撕下盖膜后,使用二甲苯脱胶三次,每次使用加热垫挥发二甲苯,使用无水乙醇洗掉玻片上残留的二甲苯,加热垫上挥发乙醇。

DNA提取方法:生物安全柜中使用沾有buffer液的刮刀,刮取对应位置的细胞,转移至1.5mL EP管中,加入蛋白酶K,56℃水浴锅中孵育过夜。第二天按照提取说明书的细胞/组织DNA提取步骤,完成后续DNA提取工作。测定DNA浓度。

检测方法:采用qPCR荧光定量的方法进行Braf突变基因检测。每个样本分为Braf组和内参组,分别加入对应的qPCR引物(V600E引物的3'端设置在突变碱基序列的前一个核苷酸位置),加入qPCR Mix后,封口,混匀,除气泡,离心,上机。

试剂性能验证:每次入库新批次的检测试剂,需进行试剂性能验证。选择之前已完成qPCR检测的样本,包括阴性样本1例,弱阳性样本1例,使用新试剂再次上机检测。通过结果的阴、阳性及ΔCT接近程度,判断试剂性能。

三. Braf检测下机数据结果判读

1. 阴、阳性结果判读

    阴性对照样本检测结果为阴,峰线无起伏;阳性对照样本检测结果为阳,目的基因峰线起伏明显且内参CT value < 32时,进行样本检测结果判读。Braf mut CT< 36, ΔCT(Braf mut CT - 内参CT) < 7时,结果为阳性,即存在Braf V600E突变基因;Braf mut CT为"Undetect", 结果为阴性;Braf mut CT>36 或 ΔCT (Braf mut CT - 内参CT ) > 7时,样本需复检。


2. PCR结果与免疫组化结果一致率评价

    定期汇总比较PCR检测结果和免疫组织化学结果的一致率。通过四格表方式统计结果,分析结果不一致的原因。主要原因:1.肿瘤本身的异质性;2.超声引导下的细针穿刺位置和手术标本位置不同。

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