大规模的黄巾之乱虽然被暂时平定，但东汉帝国仍不太平，在黄巾之乱平定的同年11月，帝国的西北又一次大乱，凉州又反了，史书记载，“北地先零羌及枹罕、河关群盗反，共立湟中义从胡北宫伯玉、李文侯为将军，杀护羌校尉泠征，金城太守陈懿，攻烧州郡”，掀起东汉第四次大规模的凉州之乱。相比未经战阵，只是仗着人海战术，先声夺人的黄巾军，凉州乱军多有凉州名将段颖的旧部，久经沙场，通晓军事战阵，其军事水平可不是黄巾军那群乌合之众可比，没两个月，第二年春天，凉州叛军已经发展好几万人，杀向西京长安。
司徒崔烈建议皇帝直接放弃凉州，可知帝国在黄巾之乱后的困境，和西北局势之紧张，虽然“卖国贼”，“汉奸”崔烈放弃凉州的建议被出身凉州北地郡的议郎傅燮声色俱厉，理直气壮的坚定驳回，帝国政府采纳傅燮奏议继续在西北用兵试图继续保住帝国对凉州的控制，但后来的历史证明，东汉帝国实际上还是失去了凉州，建议皇帝力保凉州，你行你上的傅燮也战死在凉州之战中。
我们熟知的凉州军阀韩遂、马腾就先后加入这次凉州之乱，暂时成为人生赢家，成为割据一方的凉州军阀，这次的凉州之乱长达三十多年，到建安后期才被夏侯渊平定。
不只西北，自黄巾之乱以来，太行山东西两侧，活跃着大小不一,二十多支反政府武装，统称“黑山军”，公推常山真定人张燕为盟主，史称“灵帝不能征，河北诸郡被其害”，暂时无力解决黑山军的汉灵帝招安张燕为“平难中郎将”，但张燕仍不太买自家皇帝的帐，时不时就领兵攻杀河北郡县，甚至有一次，“黑山军”杀到洛阳北部的河内郡，威胁京师安全。
中平四年（187年）六月，前中山相张纯，原泰山太守张举联合辽西乌桓部落首领丘力居反叛，聚众十多万，寇略幽州、冀州，横行近两年。
同年十月，荆州的长沙、零陵、桂阳三郡有人起兵造反。
十二月，匈奴休屠各胡部落反叛，不久攻掠西河，杀西河太守邢纪，并州刺史张懿。
中平五年（188年）太原，河东，豫州，益州各地黄巾余部接连作乱，攻破郡县，到了年末，青州、徐州的黄巾军更是大规模造反。
自黄巾之乱以来，东汉帝国深陷各地此起彼伏的军事叛乱，而帝国的最高领袖汉灵帝种种骚操作客观上也在加剧帝国的种种动乱。
中平二年（185年）正月，又一次天下大疫，紧接着二月洛阳南宫被烧，大火历时半个月，好几座宫殿在熊熊大火中化为灰烬。中常侍张让、赵忠等投汉灵帝所好，顺利“说服”汉灵帝下诏把每亩田地再征多十钱用来重修南宫，这才离黄巾之乱过去不过几个月。
汉灵帝也不满足只是通过增加田税聚敛财富，为了聚敛财富，他竟规定刺史、太守等地方官吏的调动升迁，孝廉、秀才授以新官职都必须得交一笔“助军”、“修宫钱”给皇帝，才可以上任。
如果没有足够的钱全额付款买官怎么办？汉灵帝推出“金融创新”，官员可以选择以分期付款的形式交钱，上任后在陆续补交，当然补交的钱呢就要给全款更多，这是什么行径？这是皇帝公然号召官员贪污腐败，只会加剧帝国吏治更趋腐化，因为官员买官损失的钱，他们要从百姓那里盘剥回来，到任后必然加倍盘剥百姓，只会加剧帝国官僚体系的腐烂。
虽然东汉后期官场几乎是无官不贪、无贪不官，但也只是“几乎”，还是有凤毛麟角有气节的官员，不想做这笔欺压百姓的生意，我不做官了？可以了吧！那不行，"其守清者乞不之官，皆迫遣之”，朕给你，你就必须给朕做，还必须按朕的规矩做，当然你是清官嘛，朕就给你个优惠价，打个半价，行不，不行打个三折，总行了吧，这官你还是得给朕做。中国历史出现一个奇特罕见的政治现象：皇帝竟强迫人做官。
汉灵帝卖官不是新鲜事，《后汉书·灵帝纪》记载，早在光和元年（184年），汉灵帝就已开始经营卖官这门独家生意。而在黄巾之乱以来，帝国各地层出不穷，此起彼伏的军事叛乱，客观上帝国确实需要调动更多的财政支出。汉灵帝选择用加田税、卖官鬻爵等种种手段搜刮百姓财富，固然有满足他个人奢侈享乐的一面，也有为战事频频，风雨飘摇，到处需要用钱仍不够用的帝国筹集财政的迫切现实考虑。
汉灵帝也许认为自己还是挺聪明优秀的皇帝，在帝国财政极度困难，百姓极度贫困根本无法直接榨取时，他用挂牌卖官，加十钱田税等手段，避免了直接搜刮榨取贫困百姓财富，又能聚敛大量财富以助国用，所以，汉灵帝有一次很从容淡定问侍中杨琦：“你说我与先帝（汉桓帝）相比，怎么样？”
杨琦答他：“陛下，你与先帝相比，就相当于舜帝与尧帝相比。”
表面上，杨琦并没有损他。实际上，杨琦的言外之意就是陛下你和先帝，只是半斤对八两。灵帝听后非常不高兴，因为汉桓帝绝不是公认的好皇帝，而汉灵帝希望听到的回答，显然是他比汉桓帝强多了，不然堂堂一国皇帝何必自己给自己找不痛快。
汉灵帝加十钱田税、卖官鬻爵等手段聚敛钱财的危害，其实不亚于直接对百姓财富的直接掠夺，“羊毛出在羊身上”，汉灵帝不过是进一步加剧帝国内部的阶级矛盾，黄巾大乱后，兵荒马乱已使更多老百姓在死亡线上挣扎、煎熬，黄巾主力被镇压下去，结果上任后的官吏一个个“重敛百姓”，官员一是把自己损失掉的买官钱连本带利从百姓手里盘剥回来，另一方面东汉帝国行将倾覆之势，也加剧官员搜刮民脂民膏的步伐，再不多捞一笔，过了这个村，未必再有下个店，在汉灵帝的骚操作下汉帝国内部的阶级矛盾只会越发尖锐，汉灵帝把越来越多的人推向帝国的反对面，成为造反派，帝国各处叛乱丛生，烽烟四起。
而在黄巾之乱后，面对帝国各地层出不穷的军事叛乱，为了平定叛乱，汉灵帝不得不授予帝国高级将领，地方刺史、太守更多兵权，随着兵权的膨胀中央政府对帝国高级将领，地方州郡的控制也日渐下滑，外重内轻的局面渐渐形成，后来军阀混战的雏形已经显现。如长沙太守孙坚无视朝廷规定，越界救援被盗贼侵犯的豫章郡宜春县；前将军董卓先后两次公然拒绝汉灵帝的圣旨，遇到这种传说中的“抗旨”，东汉朝廷竟然不敢直接惩罚董卓；骑都尉臧霸名义上是朝廷官员，但他屯兵开阳，组建一支实际听命自己，朝廷已无法控制的军队，甚至在中平五年（188年），汉灵帝不得不接受太常宗室刘焉的建议，重新任命州牧。“州”是汉武帝始设于元封五年（西元前106年），汉武帝分汉帝国为十三州作为监察区，设州刺史负责监督地方诸侯，郡县官员，地方豪强有没有违法乱纪的行为，刺史类似于今天的纪委书记，后来在汉成帝绥和元年（西元前8年），改刺史为州牧，后废置无常。汉光武帝刘秀开国稳定帝国后，在建武十八年（42年）废置州牧仍改为刺史，恢复州刺史的监察功能，但只设十二州刺史，长安、洛阳所在的司州则改为司隶，由司隶校尉监察，但在东汉后期黄巾之乱后，帝国东南西北此起彼伏跨州连郡的反叛，郡守已难以应对，刘焉认为“刺史威轻，既不能禁，且所用非人”，建议“改置牧伯，镇安方夏”，虽然汉灵帝很谨慎，他在中平五年任命的州牧只有三位清重名臣，幽州牧刘虞，益州牧刘焉，豫州牧黄琬。
州牧凌驾于郡守之上，掌握一州的行政权、财政权、兵权，郡县两级制至此转化为州郡县三级制。
不过，我不赞同后世很多的历史爱好者，历史专家学者认为汉灵帝设置州牧造成后来地方割据，军事混战的局面，我觉得这个结论是解释过度，过分拔高汉灵帝当时设置州牧的历史意义。东汉后来的军阀混战，根本原因其实还是东汉王朝权威下移导致的，到董卓废立后，最后完全丧失权威，不能再凭中央名分号令地方，和州牧设置与否没多大关系，董卓能“挟天子”是因为他是从来没有真正到任过的并州牧吗？显然不是；吕布、公孙瓒、孙策、袁术也都没做过州牧，甚至不是州刺史，但不妨碍他们成长为割据一方的军阀，汉灵帝设不设置州牧，改变不了军阀混战的到来，但汉灵帝设置州牧这事，一定程度上还是左右了历史的进程，比如，益州牧刘焉死在任上，他的儿子刘璋“子承父业”被部下推举接任益州牧，刘备后来就是受益州牧刘璋邀请入益州帮他抵御外敌，结果刘焉、刘璋父子两代经营的地盘被刘备给夺了，如果历史上汉灵帝没有任命刘焉为益州牧，那历史的走向将不会是今天我们看到的样子，甚至有名的三国鼎立的局面也未必出现，刘备其实是抢了刘焉父子的地盘，才有资格与曹操、孙权三足鼎立，如果刘璋没有引狼入室，刘备能不能顺利消灭刘璋，夺下益州都是个大大的问号？
中平六年（189年）四月，一手将他的帝国、臣民带入乱世的汉灵帝的寿命走到了尽头，享年33岁。汉灵帝是当时人公认的昏君。汉灵帝死后的“谥号”被朝臣一致定为“灵”，按谥法：乱而不损曰灵，是个恶谥，是指汉灵帝作为皇帝胡作非为，把国家折腾得够呛，只是帝国算是没有亡在他的手里，勉强算是“不损”。富尚
汉灵帝留下的是个满目疮痍，战乱频频的帝国给他的儿子，而死在临头的汉灵帝仍没有忘记给他的帝国、他的儿女，母亲添乱，在立太子问题上犯下大错。
