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尽管在饮食上差异重大，宿主的系统发育是哺乳动物微生物菌群组成的主要决定因素，但这种趋势是否存在于所有的脊椎动物中还尚不清楚。该篇文章研究分析了约900种脊椎动物（包括315种哺乳动物和491种鸟类）的肠道微生物菌群，并评估了饮食、宿主关系和生理对微生物菌群分类组成的贡献。该研究发现非飞行哺乳动物的微生物菌群相似度、饮食和宿主系统发育距离存在强相关性。相比之下，肠道微生物菌群组成与鸟类的饮食和宿主系统发育关系较弱，很少有宿主特异性的证据。值得注意的是，蝙蝠肠道微生物菌群与鸟类的趋势相同，与食物或系统发育关系不大。这些发现表明，宿主-肠道微生物菌群系统共生依赖于宿主因子，这些因子在适应飞行过程中丢失。
