今天在Biostar上看到了这个关于samtools bedcov vs. bedtools coverage 问题的讨论（https://www.biostars.org/p/195497/），感觉值得分享。

问题

po主用bedtools和samtools两个工具对一个BAM的特定基因区域的覆盖深度进行统计，却得到了不同的结果，特来论坛求助。
他使用的命令行如下：
bedtools coverage -a exons.bed -b bam -d -counts
samtools bedcov gene.bed sample.bam

bedtools得到的结果如下：

chr1    69091   70008   "OR4F5" 61 #from bedtools coverage

samtools得到的结果如下：

chr1    69091   70008   "OR4F5" 4714  #from  samtools bedcov

可以看出bedtools给出的覆盖深度是61，samtools给出的覆盖深度是4714，两个之间的差距还是很大的，这其中的原因是什么？

解惑

其实原因很简单，bedtools coverage给出的统计量是目标区域的平均深度。而samtools bedcov给出的统计量是指bed区域内每个碱基深度的加和，如果想要得到实际的平均深度，需要除以bed区域的长度。
最后值得注意的是，samtools bedcov 会忽略标记为duplicates, QC fail等的reads，但bedtools coverage不会.