在达尔文的时代，他们对遗传物质的基础以及它们的工作原理知之甚少。达尔文进化论中队遗传的描述是完全错误的，他认为遗传是融合遗传，后来一个叫孟德尔的修道士出现了。在经过大量的豌豆杂交实验后，他得出了遗传学上两大重要规律。
孟德尔豌豆遗传
分离定律：
分离定律又称孟德尔第一定律。其要点是：决定生物体遗传性状的一对等位基因在配子形成时彼此分开，随机分别进入一个配子中。该定律揭示了一个基因座上等位基因的遗传规律。基因位于染色体上，细胞中的同源染色体对在减数分裂时经过复制后发生分离是分离定律的细胞学基础。
自由组合规律：
自由组合规律(law of independent assortment)是现代生物遗传学三大基本定律之一 。当具有两对（或更多对）相对性状的亲本进行杂交，在子一代产生配子时，在等位基因分离的同时，非同源染色体上的基因表现为自由组合。其实质是非等位基因自由组合，即一对染色体上的等位基因与另一对染色体上的等位基因的分离或组合是彼此间互不干扰的，各自独立地分配到配子中去。因此也称为独立分配定律。
genomic era
在孟德尔之后，随着DNA测序技术的大规模发展，分子进化理论进入了分子时代。
在2000年代，一些活跃的话题是：
1）、基因复制在新型基因功能出现中的作用，
2）、适应性分子进化的程度与突变和漂移的中性过程，
3）、以及识别导致各种人类（或其他生物）特征的分子变化，特别是与感染，疾病和认知有关的特征。...
或者，一般来说，分子进化方面的分析包括：
遗传漂变、选择、基因流等位基因频率变化的原因
系统发育的分子研究
进化的驱动力
