总结
1、TISCH1 所有数据均采用标准化的工作流程进行统一处理，包括质量控制、批次效应去除、聚类、细胞类型注释、恶性细胞分类、差异表达分析和功能富集分析
2、TISCH 可在单细胞或簇水平上对多个数据集进行交互式基因表达可视化，从而实现不同细胞类型、患者、组织来源、治疗和反应组，甚至不同癌症类型之间的系统性比较。总之，TISCH 提供了一个用户友好的界面，用于系统地可视化、搜索和下载多种癌症类型肿瘤微环境 (TME) 中的基因表达图谱，从而实现对 TME 的快速、灵活和全面的探索
3、数据处理代码：https://github.com/DongqingSun96/TISCH/tree/master/code
4、质量控制和标准分析流程采用 MAESTRO v1.1.0，相关代码：https://github.com/liulab-dfci/MAESTRO
参考文献
[1] Dongqing Sun, Jin Wang, Ya Han, Xin Dong, Jun Ge, Rongbin Zheng, Xiaoying Shi, Binbin Wang, Ziyi Li, Pengfei Ren, Liangdong Sun, Yilv Yan, Peng Zhang, Fan Zhang, Taiwen Li, Chenfei Wang, TISCH: a comprehensive web resource enabling interactive single-cell transcriptome visualization of tumor microenvironment, Nucleic Acids Research, Volume 49, Issue D1, 8 January 2021, Pages D1420–D1430, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1020
[2] Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO. Genome Biol 21, 198 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02116-x
