如何判断二代测序的来源平台

上传数据时发现一个有趣的问题,自己不知道数据来自于哪个illumina的哪个测序平台,所以整理下如何根据FASTQ的标识行分析测序数据的来源

FASTQ格式文件中每个read由四行描述,如下:

@HWI-ST1327:30:C18RRACXX:8:1101:10939:1992 1:N:0:ACCAAT
AGGACCCGAAAGATGGTGATGGAATTCTCGGGTGCCAAGGAACTCCAGTC
+
DDFFFHHHHHJIIIJJHIHIJJJJIJIIJJJJDGHIJJJJIJJJJJJJIJ

其中illumina测序标识符和测序仪器线索相关的内容为就是第一行中HWI-ST1327部分,用于说明来自于什么测序平台。

根据10X公司的脚本,illumina_instrument.py,整理出如下内容

测序仪器平台 编号
MiSeq HWI-M
Genome Analyzer IIx HWUSI
HiSeq 1500 HWI-C 或 C
Hiseq 2500 HWI-D 或 D
Hiseq 3000 J
HiSeq 3000 或 HiSeq 4000 K
HiSeq X E
NextSeq NB或NS
MiniSeq MN

举几个例子:

"@E00591:243:HLK2YCCXY:3:1101:4411:1608 1:N:0:AGCAGGAA" 包含E,也就是HiSeq X平台,

"@ST-E00314:132:HLCJTCCXX:6:2206:31213:47966 1:N:0" 虽然开头是ST,但是后续跟着E,那么还是HiSeq X。

大部分情况都能解决问题,但是如果你遇到了"@HISEQ:739:CCGERANXX:7:1101:9617:1309 1:N:0:NATCCGTC" 这种编号的话,那么就得求助这里面的"CCGERANXX"这9个字符组成的FCID

还是根据illumina_instrument.py脚本里的内容,查询以C开头,ANXX结尾的是"HiSeq 1500", "HiSeq 2000", "HiSeq 2500",我们将范围缩减到了3个平台。同时我们还可以查询每个测序仪器的测序读长范围。

如果是DSXX结果,则是NovaSeq,参考自http://enseqlopedia.com/2017/12/illumina-flowcell-names-similar-occasionally-rude/ 以及 https://www.biostars.org/p/198143/

根据我整理的表格,至少能够区分250bp , 以及小于100bp的FASTQ数据来源。

测序仪型号 最长读长 数据量
HiSeq X 2 x 150 bp 1.6–1.8 Tb
NovaSeq 6000 2 x 150 bp 134–6000 Gb
HiSeq 4000 2 x 150 bp 125–1500 Gb
HiSeq 3000(过时,不用) 2 x 150 bp
HiSeq 2500 2 x 250bp 9 –1000Gb
HiSeq 2000 2 X 100 bp 36 - 200Gb
NextSeq 2x 150bp 20–120 Gb

考虑HiSeq 1500 基本不用,最后就只有2个选项,最后比较下每个读段长度,就能分析出具体的平台了

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