一、进入https://anaconda.org/ 查看,如果有,那就太方便啦!picard 就是有的!害,我白忙活了一下午
conda install -c bioconda picard
二、如果没有
git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
cd picard #进入picard文件目录
./gradllew shadowJar #编译
cd picard/build/libs #进入libs,见到picard.jar,证明安装成功
三、设置环境变量,就不需要进入/picard/builds/libs/目录也能使用picard
因为 piard 是个 java 编译的 jar.包,然后又不是 root管理员,
vim /home/非root用户名/.bashrc文件
===I键,在该文件最后面加入
PICARD=‘/放picard的位置/picard/bulid/libs/picard.jar’
alias picard="java -jar $PICARD"
===ESC键,:wq 退出
source .bashrc #更新该文件