inux环境下的软件安装

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uname -a  #查看Linux系统版本
cd ~/biosoft  #进入Linux系统，进入安装目录
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #一个下载的脚本
cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft  #也可从别人已安装好的目录下拷贝
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc #激活
#添加镜像，有助于加快下载速度
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
#使用conda安装软件
conda list 
conda install fastqc -y #安装软件fastqc，conda remove fastqc -y 为卸载
fastqc --help ##显示帮助文档

#conda 环境，按照需求安装不同的软件，即不同的环境
conda info --envs #查看当前conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y #建立rnaseq的conda环境
conda activate rna-seq #激活新的conda环境
conda info --envs #查看当前conda环境
fastqc #显示帮助文档
conda deactivate #退出当前环境
conda activate base #再次进入环境，激活