@e0cb837cd5b9 为什么我跑多样本显示没有这个文件
scCancer包：自动分析肿瘤单细胞转录组利器scCancer包是2020年 清华大学Jin Gu团队开发的一个专门用于分析肿瘤单细胞转录组的工具包。它集成了单细胞数据分析的基本流程(Seurat)，增添若干适合肿瘤数据...
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基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA）今天给大家介绍一款R包：TCGAExpression, 可以检索基因在33种肿瘤组织 vs 正常组织中表达。顾名思义，这个包功能实现是基于TCGA数据库。 包的安装与加载 通...
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TMB:肿瘤突变负荷简介
摘录 肿瘤的免疫疗法是即手术，放疗，化疗等传统治疗手段之后兴起的一种新型的治疗手段，以PD-1/PD-L1抗体为代表的免疫检查点抑制剂在黑色素瘤，非小细胞肺癌等实体瘤的临床治...
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编程笔记3-Rstudio编写R包并上传github
使用Rstudio创建R包：https://www.jianshu.com/p/c0216f42edc5[https://www.jianshu.com/p/c0216f42...
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WGCNA（二）WGCNA的步骤和原理链接：http://genek.tv/，本文是该课程的学习记录。 1.共表达 两条基因的表达模式相似，即在某些样本中两条基因表达量都高，某些样品中表达量都低。 用相关性系数r...
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用诺模图可视化你的模型花花写于2020.6.2诺模图出镜率很高，用于多因素cox或logstic模型的可视化展示。 0.输入数据 需要病人临床信息和生存信息表格，如下 1.简约诺模图 使用rms包...
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单因素与多因素cox分析区别
说来惭愧，跟师姐聊天的时候，我按照传统的生信思路把临床特征做风险打分，然后定义高低风险打分，接着就是标准的生存图、森林图了。在做到森林图的时候，忽然被问到，单因素与多因素的区...
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划重点啦！接下来主要讲解的是：患者生存状态的影响因素分析！
划重点啦！接下来主要讲解的是：患者生存状态的影响因素分析！ 00前言： 大家好， 我们是科研风雨路，点击右上方“关注”，每天为你分享一些科研知识，共同进步。划重点啦！接下来主...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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基于Lasso回归筛选变量构建Cox模型并绘制Nomogram本文转自易学统计基于Lasso回归筛选变量构建Cox模型并绘制Nomogram[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4MjgyODQzNw...
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TCGA学习04：建模预测-lasso回归TCGA学习01：数据下载与整理 - 简书 TCGA学习02：差异分析 - 简书 TCGA学习03：生存分析 - 简书 TCGA学习04：建模预测-cox回归 - 简书...
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R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制R实战|Nomogram(诺莫图/列线图)及其Calibration校准曲线绘制 Nomogram，中文常称为诺莫图或者列线图。简单的说是将Logistic回归或Cox回归的...
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跟着大神学习WGCNA分析——WGCNA是干嘛的？致知 2019-10-06一起为你的基因找个朋友吧~ 上一次学习WGCNA还是7月份做小组作业的时候，本来想做WGCNA，但是当时各方面没有入门，理解不了这个是个啥东西，最后...
