在正常心房组织中，30%是心肌细胞，70%是成纤维、内皮和组织原位免疫细胞。这些细胞辅助维持了心肌细胞的基本功能，包括matrix scaffold、血供、waste rem...
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文献学习090--Recruited macrophages elicit atrial fibrillation -
GEO数据库挖掘—生信技能树B站视频以下是B站生信技能树GEO数据库挖掘的课程笔记 主要内容及学习目的： 介绍GEO数据库：了解数据存放位置； 介绍GSE项目的3种下载方式； 介绍ID转换：使用R语言技巧实现基...
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免疫细胞注释-2：髓系细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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文献学习009--[sc]外周血PBMC单细胞测序揭示COVID-19和流感患者特异性免疫反应1. COVID-19和IAV患者外周血PBMC单细胞转录图谱 图A：患者信息：3个HD，5个COVID19，2个IAV患者；COVID19和IAV各取了不同的时间点的样本（...
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文献学习034--[sc]急性川崎病外周血PBMC单细胞测序1. Study design and single-cell RNA pro!ling of PBMCs. 作者对采集了3例正常对照和7例川崎病患者给予IVIG治疗前后的外...
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非肿瘤纯生信：换个疾病又是一篇文章！全血和PBMC比较的思路今天给大家分享的是2019年Allergy Asthma Clin Immunol（IF=2.664）上的文章“Whole blood vs PBMC: compartmen...
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【单细胞高级绘图】08.细胞通讯_两组比较_气泡图细胞通讯分析，我很早之前就写过，当时详细介绍了CellPhoneDB的原理、实操、可视化。单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)...
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单细胞108篇文献解读之12---Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast s...
利用单细胞转录组研究发现促进胆管癌生长的癌症相关成纤维细胞亚群 研究背景 在肝癌中，癌症相关成纤维细胞(CAF)的特性还有许多没有被研究明确。 本文研究了CAF在肝内胆管癌(...
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单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)
在上一篇帖子中，我介绍了CellPhoneDB的原理、实际操作，以及一些值得注意的地方。这一篇继续细胞通讯分析的可视化。 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据...
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【单细胞轨迹分析】monocle3前面一篇文章介绍了monocle2，今天介绍一下monocle3。其实，Monocle3和Monocle2并没有本质上的区别，只是把降维图从DDRTree改成了UMAP。原因...
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单细胞空间绘制人类胚胎器官发生时期细胞图谱作者，Evil Genius 感谢伸出援手的朋友们 关于评估单细胞空间联合分析方法的文章目前已经有了好几篇，在最新发表于Nature Communications的文章A c...
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文献(8): 单细胞和空间分析揭示FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用
今天分享的这篇文献上个月刚发表在Nature Communications，主要内容是结合单细胞转录组和空间转录组技术，揭示了FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞的互作，及...
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无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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Seurat的单细胞免疫组库分析来了！
使用Seurat进行单细胞VDJ免疫分析 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP...
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单细胞免疫组库数据分析||Seurat整合单细胞转录组与VDJ数据在做10X单细胞免疫组库分析的是往往是做一部分BCR、TCR做一部分5‘转录组，那么怎样才能把两者结合到一起呢？ 今天我们尝试用我们的趁手工具做一下整合分析。 首先是下载数据...
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Scissor：联合表型数据,Bulk-seq和scRNA(1)在上篇棉花相关的单细胞帖子我提到过： 文中是这样说的：Guided by the bulk samples of cotyledons (0, 12, 24, 36 and ...
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单细胞转录组基础知识详解这篇关于单细胞的综述发表于2017年7月的Molecular Aspects of Medicine，Identifying cell populations with sc...
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