如果样本有几百个，怎么批量输入啊？
snakemake 转录组上游pipelinetrim-galore + hisat2 + featureCounts
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SAMPLES如果有很多样本，怎么批量输入呀？
snakemake -- 学习
snakemake document[https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/basics.html#step...
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如果id 有很多文件，怎么批量输入呀？
RNA-Seq raw2fpkm pipeline (snakemake)
前几天，帮师妹分析转录组数据，由于她只需要FPKM，并且我刚好在学snakemake，就试着用 snakemake 写了一个简单的从 raw data 到 FPKM 的流程。...
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Install metawrap-envmetawrap更新使用menba安装速度更快！ Github: https://github.com/bxlab/metaWRAP[https://github.com/b...
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楼主，请教一下怎么批量下载呀？
【SV分析】01怎么下载物种的contig数据
因为小编之前做过一段时间的SV分析，所以想在此分享一下做SV分析的过程。 今天先介绍如何下载物种的contig数据？这是SV分析的第一步。 这里我用Chimpanzee作为例...
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linux shell中for循环，如何读取整一行
在处理一个多行数据的过程中，使用for循环去读取每行数据，结果发现输出是 shell中for循环的默认分隔符是：空格、tab、\n 一、若shell for 循环以\n作为分...
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本科毕业于浙江大学，硕士毕业于复旦大学，浙大读博ing。<br>如果没有及时回复可以发送邮件：jlyq617@gmail.com
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Linux三剑客（awk-4）-awk的模式（pattern）
朱双印——awk从放弃到入门（6）：awk模式 我们之前一直在提，awk的使用语法如下： 对于options（选项）而言，我们使用过-F选项，也使用过-v选项； 对于Acti...
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生于忧患，死于安乐。
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【RNA-seq自学08】数据分析之表达定量 featureCount 、表达矩阵featuresCounts 软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal loca...
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宏基因组研究工具 | 小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)
近日，来自德国的研究人员在《Cell Reports》杂志发布了一个宏基因组研究的综合资源：小鼠肠道宏基因组目录(iMGMC)，为宏基因组研究提供高度集成的数据资源，并促进分...
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【宏基因组入门教程】（一）
最近接手了宏基因项目，会在之后接着发一系列的宏基因组入门教程，学习资料大概来自国外的教程。感谢Harriet Alexander, Phil Brooks, C. Titus...
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基因集富集分析(GSEA)及其可视化1 什么是GSEA 基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表...
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2022-05-24如何快速从基因组中提取基因、转录本、蛋白、启动子、非编码序列？
NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换这篇文章有读者留言想要提取外显子，内含子，启动子，基因体，非编码区，编码区，TSS上游1500,TSS下游500的序列。下面我...
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根据GTF画基因的多个转录本结构
外显子和内含子是转录本上面的概念，是基于转录这个行为的定义。 而5端UTR区域和CDS区域，还有3端UTR区域,是基于翻译这种行为的定义！ UTR（Untranslated ...
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RNA-seq：STAR 软件比对（SLURM递交系统）
索引构建 构建好索引后，第一次比对 构建二次比对的新索引： PSSTAR缓存文件太大，7TB空间run 190个RNA-seq都吃不消，还是用For循环来做。
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SLURM 资源管理系统
在上一篇中我们简要介绍了 LSF 作业管理系统，下面将介绍 SLURM 资源管理系统。 简介 SLURM （Simple Linux Utility for Resource...
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day8 linux基本操作：登录、查看、目录操作
一、学习VPN链接服务器的方法 这样就可以在家链接学校的服务器，进行数据分析啥的啦试着从“终端”通过ssh ID@IP地址 命令登录了一下，过一会儿没有使用就被host踢出来...
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不做无条件咨询，见谅
