240 发简信
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  • 纯生信补PCR验证没有意义?你还是太年轻了

    最近有粉丝说纯生信没有做功能实验,就补一个PCR验证,没有什么太大的意义,就不想补。如果按照这种说法的话,就算你补了功能实验,没有研究作用机制,一样有人会说这些没有意义吧;就...

  • @Amber_Sun 不是的,我是做烟草生理生化方面的,不涉及群落生态学,也是R语言小白。因为我手里有代谢组学的数据,之前对样本进行分类时,参考别人的文章,使用vegdist(,method = bray)来做层次聚类,发现样本聚类情况比较好。在我进一步做WGCNA分析时,发现也需要对样本聚类,就想了解一下能不能使用vegdist()函数替换掉dist(),找了半天没找到相关的信息😂。
    非常感谢您的解答!!!

    WGCNA(1):R包安装及数据导入清洗

    WGCNA:加权基因共表达网络分析,简而言之,就是将基因划分为若干个模块,探究与表型数据与基因模块之间的相关关系,并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式,推荐5组(或...

  • 您好!请问WGCNA对样本进行聚类时,hclust(dist())中的样本距离必须要用dist()函数进行计算吗?能不能用vegan包中的vegdist()函数进行计算呢?
    因为我用vegdist(x,method=bray)函数时,我的样本聚类情况比较好,但用dist()时的聚类情况不好。所以想请教一下您!

    WGCNA(1):R包安装及数据导入清洗

    WGCNA:加权基因共表达网络分析,简而言之,就是将基因划分为若干个模块,探究与表型数据与基因模块之间的相关关系,并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式,推荐5组(或...