我有两个SNP的vcf文件,第一个文件是有
200个体,针对89条染色体做了个SNP筛选,另外一个是100个体,针对与上述相同基因组文件的前20条染色体做了一个SNP.vcf文件。现在我想取他们两个的SNP位点的合集,让后做个曼哈顿图,筛选出一定量的位点。bcftools isce 能做个分析吗
使用bcftools提取vcf文件中的特定信息可以使用工具 bcftools 中的 view 命令结合选项 -r 和 -s 来挑选特定的 SNP 位点。 选择感兴趣的样本,使用 -s 选项,比如选取样本 A、B、C: 选...