主要分享一些自己的学习过程，以菜鸟干货为主，大家有问题可以在我的博客交流(打赏也是)<br><br>
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6、无重复差异基因分析（edgeR包的使用）1）简介 edgeR作用对象是count文件，rows 代表基因，行代表文库，count代表的是比对到每个基因的reads数目。它主要关注的是差异表达分析，而不是定量基因表达...
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无重复RNAseq样本Gfold值的计算
使用Gfold进行无重复RNAseq数据基因差异分析 1. 准备资料 输入的资料为read_count，要对两个样本进行差异分析则必需准备两个文件，每个文件格式如下： 文件1...
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基因家族分析 | 基因家族成员鉴定(hmm模型＆同源blast)方法一：基于hmm模型的鉴定方法 1.准备数据①下载拟南芥基因组fasta文件、注释文件gtf/gff3文件：ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub...
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你好，我想问问在分析的时候双端测序的数据，是有两份数据，R1,R2的，如果只用R1或者R2去分析会怎么样？
双端测序中read1和read2的关系
在跟着健明老师学习生物信息学的过程中，少走了很多弯路，躲过了很多坑，在指导下浅尝过一些。但是自己常常扣原理，又双叒叕落坑，百思不得其解。以下是之前遇到的问题，今天整理带大...
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物理内存不够用，拿磁盘空间做交换分区SWAP
有时候在编译过程中内存不足导致编译失败，很多人租的1g内存的云服务器，1g肯定不够。 解决：拿磁盘空间做交换分区，临时使用1 创建分区fdisk 磁盘设备 创建一个分区，类型...
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菜鸟青盐，不务正业，胡思乱想，唯爱医学数据分析的医学女博士，从事医学数据分析6年的女程序媛，联系请关注微信公众号(ID：Datamedi)
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R语言挖掘GEO数据库实战之-GEO库的概念及检索界面GEO数据库是啥？ 基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO） GEO是由美国国立生物技术信息中心（national center for bi...
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mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal！ 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的表达矩阵数据，但是无论是自身实验需要，还是从NCBI的GEO...
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从0开始，包括软件安装，环境设置，原始数据下载，转换，差异基因分析等整个流程
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喜欢写代码的外科医生。
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RT-PCR:实验方法技巧定量pcr有两种： 荧光，通过染料里的荧光，随着pcr产物的增多，而出现光信号的差异。通过激发光的差异，来分析每个孔的样品的产物的量的差异。代表染料：Takara RR820...
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RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
