由于基因表达跟细胞表面蛋白的表达具有时间差，所以要根据经验具体情况具体分析，内容仅供参考 哺乳类动物B细胞的分化过程主要可分为前B细胞、不成熟B细胞、 成熟B细胞、活化B...
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【单细胞转录组】人类B细胞亚群分析Marker基因汇总 -
单细胞分析识别控制B细胞发育和转化的动态基因表达网络
2021年11月25日，美国明尼苏达大学实验室医学和病理学系的研究人员在Nature Communications杂志上发表了“Single-cell analysis id...
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单细胞seurat学习笔记计算各个cluster的细胞数绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞...
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10X单细胞空间联合分析之cell2location的详细梳理又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...
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使用scVelo进行RNA velocity分析-01scVelo于2020年发表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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LOH杂合性缺失简介
欢迎关注"生信修炼手册"！ LOH全称Loss of heterozygosity， 中文名叫做杂合性缺失。 以human为例，正常体细胞中有两个染色体组，一对等位基因的al...
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OS/PFS/PFI/DFS/DFI/DSS各种生存指标定义
OS 总体生存期： Overall Survival 定义： 结局指标是死亡时间，这个死亡是任何原因导致的死亡都算进去，只关心是否死亡，不关心因为何种原因死亡。优点 ： 能比...
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用clusterProfiler进行GSEA分析
****今天来关注如何使用clusterProfiler系列包来分析GSEA** 导入包，导入数据 今天比昨天多导入了一个ReactomePA包，这个包也是Y叔开发用来分析R...
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seurat-FindAllMarkers()源码解析现在回想单细胞项目的一些常规分析，clusters/groups间的差异表达分析（differential expression analysis）几乎是分析必备项，Find...
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R语言目录及文件操作
1.查看目录与文件 2.检查目录和文件 用file_test()可以判断是一个目录还是文件： 3.创建目录和文件 创建目录使用dir.create()当创建多级目录时，令re...
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生信星球小练习—批量读取10X数据刘小泽写于2020.8.13主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理 下载数据 选用的10X测试数据是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/...
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用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz
用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.g...
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基因ID转换方法总结1. clusterProfiler包，bitr()转换ID函数 clusterProfiler 是Y叔写的一个功能强大的R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO...
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Transcript ID（ENST/ENSMUST/NM_123456）转换为gene ID（ENSG/ENSMUSG/Gene ID）和Gene name/Symbol----前不久拿到公司给的转录组测序结果，Gene ID是以ENMUST开头，查了一下，ENST为EMBL 核酸数据库中人类的转录本ID，ENMUST为鼠的转录本ID。一般我...
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单细胞小提琴图+箱型图做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot，专门用来画小提琴图的。 我们来...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）–使用maftools读取和汇总gistic输出文件（三）读取和汇总gistic输出文件 maftools : Summarize, Analyze and Visualize MAF Files[https://rdrr.io/b...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）--Gistic 2.0在线分析（二）
zhuang_gj 3月-11-2021 上一次分析讲了如何整理好Copy Number Segment 数据，这次我们使用GISTIC2.0[https://cloud.g...
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TCGA 拷贝数变异（CNV）数据整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 从TCGA下载Masked Copy Number Segment 数据-----解压后进行处理 marker file数据下载和处...