纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行学习要明确输入输出，多举例子，多找到应用场景，多进行检索练习——费曼学习法 之前总感觉WGCNA已经学习的差不多了，已经能够实际使用了，结果时间...
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【WGCNA学习笔记】两次相关性分析 -
TCGA微卫星不稳定灶（MSI）数据处理基本概念 微卫星(Microsatellite)：基因组中的一类短串联重复DNA序列，一般由1-6个核苷酸组成，呈串联重复排列。由于其核心重复单元重复次数差异，微卫星具有群体...
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肿瘤纯度计算（InfiniumPurify基于甲基化）
概念来源 肿瘤纯度（tumor purity）指的是样本中肿瘤细胞占所有细胞的比例。原始文献Systematic pan-cancer analysis of tumour ...
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肿瘤可变剪切相关概念
基础概念 RNA可变剪接（alternative splicing）是真核细胞调控蛋白表达的一个重要机制，指转录形成的前体mRNA通过去除内含子、保留外显子形成成熟mRNA的...
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肿瘤新抗原突变负荷（TNB）
概念提出背景 肿瘤抗原根据其特异性可大致分为两类：肿瘤特异性抗原，只存在于肿瘤细胞中；肿瘤相关抗原，在肿瘤细胞中过度表达或异常表达，在一些正常细胞中也有表达。 除了异常的表达...
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【WGCNA学习笔记】无尺度分布和软阈值使用WGCNA进行分析时，一定会遇到这两幅图，其中有这么几个重要的概念，软阈值，无尺度网络分布。 使用WGCNA分析时，这两幅图肯定会使用到，这两幅图的主要价值就在于寻找软阈...
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R检验数据是否符合幂律分布在进行WGCNA分析中，确定软阈值并给基因之间的相关性，加上一个幂次后，使得这种基因之间的连接度符合幂次分布。那么如何确定，或者通过统计学的方式检验，相关的分布符合幂律分布呢...
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矩阵相关性分析的相关参数设置使用了WGCNA示例数据，计算了矩阵两两相关性，发现其中有use这个参数当中的设置变化时，其结果也有所变化。记录一下。 使用的数据 使用的是WGCNA官方文档提供的数据 使用...
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箱型图绘制时报错处理在批量绘制箱型图时，使用自定义的函数，出现了不能比较统计学差异的问题。 具体问题 数据特征 数据是行是样本，列是临床特征+基因表达 想要绘制不同临床特征中，基因表达箱型图 写...
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科研绘图——upset展示更复杂的交集情况将几个数据集之间的交集进行可视化，除了可以利用Venn图外，还可以使用upset这种图形。这种方法是发表在2014年nature methods上面。Sets and int...
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科研绘图——upset展示更复杂的交集情况
将几个数据集之间的交集进行可视化，除了可以利用Venn图外，还可以使用upset这种图形。这种方法是发表在2014年nature methods上面。Sets and int...
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批量处理——把循环中产生的数据框合并这是对之前批量处理方法的一个补充，前面的文章 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.jianshu.com/p/cc51ac013af6]批量处...
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【jupyter notebook】—— 安装第三方python包做数据分析，只要深入地研究，学几种语言是应该的，技多不压身，其中jupyter notebook就算是一个需要了解和学习的工具。先学习了R，又挡不住好奇心，想要了解一下pyt...
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批量处理——两基因不同组别中的相关性展现
相比于网页工具，使用编程语言处理科研数据的一大优势，在于高度的定制化，以及批量处理数据的快捷性和高效性 目录批量处理——for循环批量计算组间差异[https://www.j...
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R for Data Science（笔记） ---数据变换（select基础使用）tidy流处理数据越来越流行，我想这与管道符%>% 的使用，数据处理动词化，有着很重要的关系。 用最少的时间，解决最重要的、最常见的问题，我把这称为是高效；剩余的难点，我把其...
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R for Data Science（笔记） ---数据变换（select组合其他函数）
紧接之前写的select的基础操作 4. 拓展2 其实select的使用，和其他函数结合搭配使用会发挥强大的作用 结合函数 last_col() 选取倒数第几列，默认是最后一...
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满满的干货！
R for Data Science（笔记） ---数据变换（创建新的变量）
tidy流处理数据的方便，我想这与管道符%>% 的使用，数据处理动词化，有着很重要的关系。 用最少的时间，解决最重要的、最常见的问题，我把这称为是高效；剩余的难点，我把其称为...
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R for Data Science（笔记） ---数据变换（创建新的变量）tidy流处理数据的方便，我想这与管道符%>% 的使用，数据处理动词化，有着很重要的关系。 用最少的时间，解决最重要的、最常见的问题，我把这称为是高效；剩余的难点，我把其称为...
