Pyradiomics是符合IBSI的放射组学特征提取工具。但是安装会遇到各种问题，尤其是最近国外的源速度太慢常常导致安装失败，因此给大家介绍一个比较快速的Pyradiomi...
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使用Anaconda安装Pyradiomics -
第二天多套GEO数据集联合分析流程
网页小工具：shinyGEO：零编程基础分析GEO数据 https://mp.weixin.qq.com/s/UYI61Rl0Jf5LPe3MxjXyAA（网速太渣 明天继续...
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利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。TCGA...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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教你3种方法下载NCBI GEO数据1.常规下载方式：prefetch 对于常规下载sra数据来说，NCBI提供了它自己的一套工具(SRA-Toolkit)，其中用prefetch来下载数据，用fast...
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R语言可视化学习笔记之ggrepel包当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形： 可以看到可视化效果不是...
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R使用笔记：dplyr备忘
笔记内容:要尽量利用它避免产生太多中间变量，一步到位。与ggplot2的dataframe输入紧密结合。推荐一本dplyr和ggplot2结合的实践书：data-visuli...
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WGCNA分析，简单全面的最新教程本文应该是第二全的WGCNA分析教程，参考了最新的文档。第一全的还在路上，会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上，欢迎点击链接了解更多。 WGC...
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MCPcounter实战点点滴滴第一 我得到的数据是nrpm值，处理的方法如下。考虑了管家基因后的normalization。然后limma做差异分析。 我的问题：能不能使用原始read counts数据用...
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GEO数据挖掘小尝试：（三）利用clusterProfiler进行富集分析clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Disease Ontology analysis）、Reacto...
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fgsea做GSEA1.导入测试数据,fgesa的examplePathways，exampleRanks测试数据分别是通路的list和经过fold change排序的基因。 2.运行 fgse...
