其实这一部分在前面就已经涉及到一些，不过官网既然把这部分拿出来单独作为一大块讲解，可能也是因为这一部分可供选择的可视化方法有很多。对于图片的优化上也有比较详细的介绍。 官网这...
发简信
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利用scanpy进行单细胞测序分析（三）Marker基因的可视化 -
单细胞中应该如何做GSVA？此前我们已经花了三篇推送的篇幅去详细介绍了GSVA： 文献阅读系列（九）、一文了解GSVA原理[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwMzI...
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Seurat Weekly NO.06 || 数据对象转化之Scanpy2SeuratSeurat Weekly NO.0 || 开刊词[https://www.jianshu.com/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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单细胞分析之细胞交互-1：CellphoneDB常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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单细胞数据挖掘||DOSE：疾病本体论语义相似分析在拿到单细胞数据之后，我们指的跑完了cellranger 、scater、singleR、 seurat、monocle这些培训班老师带你走完的流程之后，要进一步的挖掘或者辅...
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pip install fa2 这个怎么安装上的呀，现在安装特别难，全是bug
单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：PAGA轨迹推断
单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类 说起轨迹推断，很多人的第一印象就是monocle的轨迹图，大概率是长这样子的： 如果说单细胞转录组数据分析中的分群是...
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单细胞转录组数据分析|| scanpy教程：预处理与聚类scanpy 是一个用于分析单细胞转录组（single cell rna sequencing)数据的python库，文章2018发表在Genome Biology。其实它的...
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Scanpy数据结构：AnnDataAnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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Monocle3：拟时序分析写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...
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我想请问一下，这个单细胞的拟时序分析结果可以提取出哪些细胞属于哪些阶段吗，就相当于提取成一个文件的格式，这样可以吗？
终于读到一篇用monocle3做拟时序的文章
在去年7月的时候我们拟时序的教程就把monocle2、3部分都介绍完了，当时Biomamba就表示发表的文献还都是以monocle2为主流，没想到目前我读过的文章依旧是以mo...
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小弟读过两年书，尘世中一个迷途小书僮<br><br>欢迎访问: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fthereallda.github.io%2F" target="_blank">https://thereallda.github.io/</a>
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使用MuSiC分析bulk RNA-seq中的细胞组分我们之前已经介绍过如何《使用xcell根据表达谱推断样本组成细胞的类型》，具体思路就是根据已知细胞系的表达谱，计算每种类型细胞的特征基因表达，然后评估待检测样本与特征基因之间...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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CIBERSORT初探简介 CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx...
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CIBERSORT：反卷积推测bulk中的细胞类型五一学了一个新的分析方法-CIBERSORT，这个包其实很早就想学的，因为现在一般的单细胞文章的套路，很难不用到它，那么它能干什么呢？它能够推测出bulk RNA每一个样本中...
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scanpy | 基本单细胞数据分析流程scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs 本文记录使用scanpy处理3k PBMCs scRNA-seq数据的流程。 环...
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基因ID转换及富集分析 | org.Hs.eg.db clusterProfiler仅针对人类而言。虽然一直对GO和KEGG不感冒，但流程化的分析还是要做的。主要包括两部分： 将基因编号转为ENTREZID(具有唯一性）：基因编号来自ANNOVAR的注释结果...
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Geneformer | 基因分类预测Gene Classification 上一篇文章写了用Geneformer如何做细胞分类[https://thereallda.github.io/2023/08/02/g...
