芜湖，我又回来了，和坐过山车一样
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Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令 3.输出文...
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群体遗传
一、个体对群体遗传组成的影响 生物进化是群体遗传组成随着时间的变化而变化。我们的群体由不同的杂交个体组成，其遗传组成由每个个体携带的基因组组成。由于个体死亡或个体进出人口的迁...
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冗余分析（RDA）——R包vegan从概念上讲，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是响应变量矩阵与解释变量矩阵之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析，也是多响应变量（multi-...
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潜在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群体（区别于强人工选择）中，如果我们感兴趣的数量性状表现出与特定的地理环境变量有高度的关联性，随着环境变量的改变而变化，则这些环境变量往往反映了环境作用于个体表型的选择...
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基于单体型haplotypes的群体选择信号的检测——EHH & iHS
基于单体型haplotype的选择信号的检测。在selective sweeps选择过程中，有些强烈受到选择的位点variants由于LD的因素会连带着其附近的位点varia...
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GATK4.0-vqsr
转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...
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群体适应性分析——选择信号●选择信号：生物在自然选择或人工选择过程中，由于选择作用在基因组上留下的遗传多态性降低、连锁不平衡等选择印记。●选择性清除（selective sweep）：受选择基因座位的...
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生信技能树，生信菜鸟团，jimmy
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公众号：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2读研，学习方向：癌症基因组、肿瘤免疫、单细胞组学
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R工具经纬度提取海拔 rgbif
一 前期准备 1 参考网址 https://rdrr.io/cran/rgbif/man/elevation.html[https://options(geonamesUse...
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plink计算近交系数
1.提取个体list bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt 2.计算近交系数 # 不能有multiallel bcftoo...
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周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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终身学习者、大学教师。稍微懂一点儿写作、演讲、Python和机器学习。欢迎微信关注并置顶我的公众号“玉树芝兰”(nkwangshuyi)。我已委托“维权骑士”（rightknights.com）为我的文章进行维权行动。
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