今天分享一篇空间转录组的文章，在Nature Plants发表的题为“”A spatial transcriptome map of the developing maize...
IP属地：河南
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【文献分享】玉米雌穗空间转录组图谱 -
细菌与宿主互作综述
从热心肠那看到几篇关于细菌与宿主的综述，这里记录一下。宿主与菌群的关联的研究积累多了也就有人写综述了。分析上类似MWAS GWAS的关联分析的思想。 标题：Host spec...
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MWAS (mGWAS) 相关分析方法收集
简介 MWAS（mGWAS）是建立宿主基因组的 SNP 与 环境微生物组某个 OTU 丰度关联性的一种方法，依赖于宿主基因组重测序和 16s 或宏基因组测序 分析方法文献 《...
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基于qiime2的扩增子流程写在前面：扩增子在微生物组领域就像分子生物学里面的PCR一样常见、有用，像繁琐的PCR一样（虽然有说明书告诉你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁琐），扩...
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Cover Letter
Cover Letter主要包括以下几方面[1][#fn1]： 右上角日期 左上角（日期下一行）是抬头，如果没有熟悉的编辑Editor，就写给editor-in-chief主...
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PanDepth快速计算reads深度，覆盖度
计算reads的覆盖度经常使用samtools，但是pandepth的速度会更加快！ PanDepth安装非常简单 使用方法也很容易 -g; gff作为输入，可计算基因的深度...
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2023年大事年表
最近大家都在总结2023年都经历了什么，我也跟个风，看看大家有没有什么想说的。 2023年1月25号，想带结婚对象回家过年，被拒绝。 2023年2月19日，30而立。 202...
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GWAS结果批量整理：升级版算法TidyGWAS
TidyGWAS GWAS分析关键结果之一是显著性SNP位点的P值，通常多年份多地点多模型的GWAS分析将会产生很多结果文件，如何对这些数据进行整理？ 汇总这些结果，并将显著...
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10X单细胞（10X空间转录组）轨迹分析（拟时分析）之基因开关（GeneSwitches）hello，大家好，今天给大家分享的是，拟时序轨迹分析软件中对轨迹关键驱动基因的下游分析，挖掘拟时序分化轨迹开关基因的分析，这个方面大家应该都不陌生，文章在GeneSwitc...
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bigSCale代码实操（一）：对scRNA-seq聚类、拟时序分析前言 我们在上一期推文：bigSCale：大规模scRNA-seq分析工具[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&...
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🤒 simplifyEnrichment | 让我来做你的富集结果的瘦身教练吧！~写在前面 最近真是烦心啊，事事不顺，找个日子我要找大师算一卦。😂 大家基本都会做富集分析，但有时候terms实在太多，读起来真是累，也搞不清到底谁是其中相对重要的。🥲 之前有...
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模式植物GO背景基因集制作一边学习，一边总结，一边分享！ 写在前面 关于GO背景基因集文件的制作，我们在很早以前也发过。近两天，自己在分析时候，也是被搞了头疼。想重新制作一份GO背景基因集，进行富集分...
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整理贴 | 生物信息学数据可视化平台~国人作品今天给小朋友数据可视化工具时候，发现国内很多人开发出来数据可视化平台，可以满足许多数据可视化需要。想着干脆整了一个目录贴。简单记录下来，几个我不时会看到的，都是非常漂亮的工作...
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【pySCENIC】构建其它物种的motif数据库前面测试了常见的人类和小鼠的数据集，但是我自己是做植物的。如果想要运行pySCENIC，就需要去建立自己的数据库。关于这块网上的资料，我自己也是遇到了一些问题，现在把自己的流...
