gushengchen

作者，Evil Genius 什么是空间轨迹？ 以一个空间位置为起点（例如上图的交界区域），沿着固定方向上的细胞、基因表达的变化。 还有如下的分析结果，沿着相同方向、以相同的...

gushengchen

虽然我是生信人员，但是我研究生阶段做的内容跟蛋白结晶有关，蛋白的三维结构非常重要，只可惜当时的我能力有限，仅仅是用swissmodel模拟一下就算了，下面的图是我当年硕士毕业...

gushengchen

其实我平时很少分享代码，因为我觉得代码其实都是抄别人的，没什么意思，理解最重要，但是现实的情况是，大家需要代码作为参考 今天我们来分享的是，对细胞类型在空间距离上的分析，也就...

gushengchen

细胞通讯根据不同细胞群、不同空间区域基因表达的特征，分析两者之间特异的配受体对，以此来代表细胞类型或者空间区域之间的通讯。空间转录组配受体（Spatial Transcrip...

gushengchen

在我们生物学的世界里，细胞类型无论是交流还是位置都是在不断的变化之中，当形成一个成熟的组织之后，细胞类型的位置才会相对固定，但真正意义上也是一种动态平衡，当发生疾病之后，免疫...

gushengchen

10X空间转录组这项技术出现的时间也有了1年多之久，很多分析的思路也已经有了比较深的认识，但是对于细胞通讯而言，无论是发表的文章，还是个人分析，都还是需要很多的探索，今天我们...

gushengchen

我们做过单细胞的童鞋们来说，轨迹分析并不陌生，然而如果将单细胞的轨迹分析结果运用到空间转录组上，就可以帮助我们了解到细胞随着时间进行的过程中，细胞位置的迁移。其中最常用的方式...

gushengchen

RNA速率分析是一个非常重要的分析内容，我们这里来深入解析一下这个分析内容（python版本，个人喜欢python），参考网址在Velocyto[https://velocy...

gushengchen

_init_() 所有类的超类object，有一个默认包含pass的init()实现，这个函数会在对象初始化的时候调用，我们可以选择实现，也可以选择不实现，一般建议是实现的，...

gushengchen

1. 读入单个样本 2. 合并数据 Tips （1）合并后的数据如何删除部分样本 （2）HE图片背景不干净如何修改后替换 需要注意⚠️修图后保存的时候图片的长宽要和原图一致可...

gushengchen

作者，Evil Genius 本来儿童节的推文不打算写了，但是有粉丝问了个问题，我也发现了一个很有意思的分析，所以写出来和大家交流一下吧。 有粉丝问，像生信培训班有必要花几千...

gushengchen

说在前面 说到细胞分化轨迹的推断，想必很多小伙伴第一会想到的是monocle2这个软件，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到细胞分化的动态过程。另一种高阶的算法是RNA速...

gushengchen

又是周五，马上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天还是工作日，我们还是要学习学习，不负韶华。 这一篇还是想详细梳理一下cell2location，包括算法以及代码的写法...

gushengchen

作者，Evil Genius 本周开始，我们要开始上空间转录组的系列课程了。 空转可以在单细胞、多细胞或亚细胞分辨率上进行转录组分析，同时保留复杂组织中细胞的几何定位信息。 ...

gushengchen

今天我们来分享一个新的10X单细胞空间联合分析的方法----Tangram，一定要注意这个软件的优势，这里强调一下， 根据染色图片推断每个spot拥有细胞核的数量，从而得到每...

gushengchen

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构： 主要包含四个slots：X contains the expression matri...