一、β多样性分析的概念 Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，...
发简信
IP属地：内蒙古自治区
-
16s—β多样性分析（R画三维PCoA图） -
R语言进行PCoA分析
#PCoA 分析在R语言中进行主要依赖于以下得包，进行这个分析得主要可以应用于形态学数据得相似与差异性分析。 library(ade4) library(ggplot2) l...
-
-
R可视化：组间微生物代谢通路前言 组间微生物富集代谢通路常用reporter score表示，在得到reporter score结果后，我们常需要可视化其结果。 Importing data Funct...
-
组间差异分析：Metastats
文章来自公众号：微生态与微进化 Anosim、Adonis、MRPP等基于群落的组间差异分析可以快速的对分组的有效性进行评估。然而，有时候我们还想进一步知道不同区组的微生物群...
-
菌群宏基因组分析能解答哪些科学问题？
更多案例分享： 菌群多样性分析能解答哪些科学问题？[https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s/o...
-
LEfSe寻找组间差异细菌导读 前面介绍过网页版LEfSe的使用方法：用LEfSe寻找组间差异细菌[https://www.jianshu.com/p/35e3f725c554]。今天学习命令行版的L...
-
组间差异检验，终于有人讲清楚了!什么是组间差异检验？就是组间的差异分析以及显著性检验，应用统计学上的假设检验方法，检验组间是否有差异及其差异程度。坦率地讲，所有的差异检验都基于一个假设：组间没有差异，变量之...
-
生信、AI、大数据、育种。MiyuanBiotech
-
低级生物信息工程师。<br>仅限于学习交流用途，请勿打赏！<br>
-
GeNets：发表在nature上的基因组分析网站平台工具2018年6月Nature Methods上发表了一篇关于机器学习分析特定基因集内部关系工具的文章，简单来说就是，通常我们做了差异基因分析得到一个基因集合，然后会用GO/KE...
-
R数据可视化: PCA和PCoA图, 2D和3D前言 主成分分析(Principal Components Analysis，PCA)，也称主分量分析或主成分回归分析法，是一种无监督的数据降维方法。PCA通过线性变换将原始...
-
ggplot2绘制堆积柱状图R语言用ggplot2绘制堆积柱状图遇到的问题（y轴顺序、facet_wrap分面顺序）- 需要将名称因子化 1、用ggplot2绘制菌的堆积柱状图时，y轴的顺序是按照菌属的...
-
ggplot2添加p值和显著性数据可视化分析中我们经常需要进行数据间的统计分析，并进行显著性标记，虽然ggpur包被大佬吐槽制造混乱，但在进行显著性标记标记方面也是有其可取之处。 下面主要展示ggpubr...
-
ggplot2绘制Alpha多样性指数图经过前面几节的原始数据处理过程，得到了可以用于分析的数据，现在让我们开始微生物组数据分析可视化的第一步，绘制Alpha多样性指数图，喜欢的小伙伴欢迎关注个人公众号R语言数据分...
-
ggplot2绘制物种组成图本节我们来绘制微生物的物种组成图；先通过phyloseq包整合数据，之后利用MicrobiotaProcess包绘制门水平物种组成图，最后通过ggplot2自定义绘制物种组成...
-
公众号 R语言数据分析指南，欢迎大家关注
-
ggplot2绘制richness(物种丰富度)指数图这一节我们来根据OTU表计算样本的richness即丰富度指数，统计样本中不为0的数目累加即可 点击原文链接获取数据 richness(物种丰富度指数计算) 加载所需R包 计...
-
ggplot2制作精美地图本节我们使用伯克利气候数据[https://www.kaggle.com/berkeleyearth/climate-change-earth-surface-tempera...
-
跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图和置信区间论文 The flying spider-monkey tree fern genome provides insights into fern evolution and ...
