5. Normalization Normalization就是为了把两种测序方法得到的数据不一致现象消除，否则如果你通过分析函数知道CpG有差异，你如何知道这个差异是疾病带...
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ChAMP包学习(3) -
单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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Illustrator 教程，如何在 Illustrator 中更改图稿颜色？欢迎观看Illustrator教程，小编带大家学习 Illustrator 的基本工具和使用技巧，了解如何在 Illustrator 中将颜色应用至使用现有颜色和创建颜色的图...
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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单细胞拟时序分析6-取亚群的方法拟时序涉及到取亚群，这里我在文献里看到过，例如，取成纤维细胞是选择 PDGFRΑ 基因阳性的细胞。但是PBMC的单核细胞好像不是用某个基因取的子集。所以，这个应该是不同细胞亚...
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你可能不知道的基因组注释文件冷知识写在前面的废话 注释文件的格式已经被各种教程讲烂了，那我肯定不能这么俗套。所以咱们今天只谈风花雪月，不讲具体格式…… 搞NGS，注释文件是我们经常需要用到的。但是不同的实验室...
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R语言统计4：正态性检验及t检验
正态性检验：正态性检验主要用于判断连续性变量是否服从或近似服从正态分布，属于非参数检验。原假设为“样本来自的总体与正态分布无显著性差异”，只有P>0.05才能接受原假设，及数...
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R语言学习（一）——下载R包小小白一枚，整理并分享一下自己在学习R的时候一些心得与体会！如果有说的不对的地方还请各位大佬指正交流~ R语言是生信分析中经常会用到的数据工具之一，学好R语言将会为我们之后的...
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安装rtracklayer包时一直报错，why
位了在R语言中导入gtf 文件，我加载了rtracklayer包，但是一直报错，，如下图所示： 重新安装之后，if (!require("BiocManager", quie...
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oncoPredict：一枚药物预测R包0.背景知识一点点 oncoPredict是根据基因表达量来预测药物敏感性的R包。也就是说它可以根据你的样本基因表达量来告诉你每个药物的IC50值，这个值越低就说明药物越管用...
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R数据格式：RData，Rds区别
.rds 和 .Rdata （也称为.rda ）文件都可用于以 R 本机格式存储 R 对象。与非本机存储方法（例如write.table相比，保存此方法有多个优点： 将数据恢...
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R语言可视化6: ROC曲线图 - ROCR/pROC/plotROC/survivalROC/timeROC1. 使用包绘制ROC曲线图 1.1 基本用法 1.2 Precision/recall， Sensitivity/specificity，Lift charts等 1.3 ...
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R语言ggboxplot-一文掌握箱线图绘制所有细节作者：白介素2相关阅读：R语言ggplot2绘制箱线图R语言生存分析04-Cox比例风险模型诊断R语言生存分析03-Cox比例风险模型R语言生存分析-02-ggforestR...
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ggplot2优化小提琴图（添加组间差异显著性，基础知识）这里不直接用ggplot2画，因为要做差异分析，所以直接用ggpubr step0.数据读取 load("Type.Rdata") 首先外面是一个小提琴图，中间一个箱式图，然...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常见文件格式查看生信分析过程中的文件格式：除了原始测序数据fastq、fasta之外，还有基因组文件fasta格式，基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成，如bed、...
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GEO数据挖掘之绘制PCA热图和差异基因火山图PCA和差异基因图是生信技能树[生信爆款入门课程]GEO数据挖掘的重点。为拓展课堂所学知识，现在找一个数据集对他们做下练习总结。 1.主成分PCA 图---- 2.top 1...
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【R画图学习8.1】PCA图主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一种传统的统计学方法，被机器学习领域引入后，通常被认为是一种特殊的非监督学习算法，其可以...
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从KEGG的pathway中提取gene symbol我的课题需要癌症中糖基因，查了下KEGG，正好有这个通路，如图。 顺便纠正几个KEGG知识：pathway: hsa05205K+数字，如K00844 ：基因Ko+数字，如K...
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线粒体相关基因的数据库最近想看线粒体代谢相关基因在自己测序数据中是否有差异，找了好久，没找到一个合适的基因列表，早上真的是太太幸运啦！！！我搜了下mitochondrial metabolism ...
