Front Immunol 复现|1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化) 前几天有同学问了一篇文章里的一个方法的实现，看了一下这篇文章除了qPCR验证基本都是纯...
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Front Immunol 复现|1. GEO数据下载及sva批次校正(PCA可视化) -
厦大本科，清华生科院博士生在读，对表观遗传，计算生物学，发育生物学领域感兴趣
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scRNAseq R包公共单细胞数据获取
介绍 scRNAseq R 包提供了一个方便的方式来直接获取公共的单细胞数据。获取的单细胞数据以SingleCellExperiment 对象储存。 安装 使用 scRNAs...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、准备RNA-seq数据 需要参考基因组文件，注释文件，样本的fastq.gz文件 检查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成质量报告（multiqc 提高查看效率...
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转录组RNA-SEQ上游分析2020安装配置conda 使用清华源下载sh脚本并安装 下载完成后直接运行脚本文件bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。需要输入yes然后等...
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mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系统的terminal！ 尽管TCGA数据库中已经提供了大量的处理好的表达矩阵数据，但是无论是自身实验需要，还是从NCBI的GEO...
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1.转录组 | 上游分析（数据下载，比对，计数）参考：转录组分析记录； 转录组入门和进阶以下内容为转录组全部的上游分析，包括下载数据、比对、计数得到表达矩阵。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo...
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生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里...
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经常忘记的linux操作技巧
1、ctrl+l 清空屏幕2、vim q！ 不保存退出3、vim x=wq 保存退出4、在>>>下删除命令 ctrl+backspace5、安装中断：core dum...
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FPKM-UQ，FPKM，TPM，count基本计算
FPKM-UQ（Fragments Per Kilobase Million - Upper Quartile）是一种用于量化基因表达的方法，主要用于RNA-seq数据的分析...
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RNA-seq转录组差异分析及可视化关于RNAseq Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
