最近在做基因家族分析。拿到了基因家族成员的序列之后，当开始做进化树时就遇到了些问题，然后就在网上搜索了些教程，和一些网站。 一、首先说一下发育树 系统发育树（Phylogen...
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2023-03-27系统发育树 -
minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads
一、minimap2 Manual Reference Pages - minimap2 (1)[https://lh3.github.io/minimap2/minima...
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三代测序数据的比对与大片段插入检测
最近做了三代测序（ONT），用于检测特定区段是否存在大片段的插入缺失，整个流程主要用到了minimap2和delly。 第一步：使用minimap2进行比对 Minimap2...
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实用生信小技巧：利用pysam高效处理bam文件
由于bam文件是二进制的压缩文件，正常情况下我们无法用普通编辑器打开查看，一般情况下我们借助samtools软件来对文件进行处理。但很多小伙伴一定遇到过这样的问题：如果我想对...
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2020-12-21利用PopART绘制单倍型网络图A图中就是一个单体型网络，每个彩色圆代表一种单体型，圆的大小表示该单体型包含的样本数，两个圆之间的连线表示两个单体型彼此相关，连线上的短线表示从一个单体型变为另一个单体型需要...
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hifiasm（高质量组装PicBio HiFi数据，同样也是可以组装T2T级别）hifiasm 如果你基因组是简单的二倍体，不复杂，不是高重复或者高杂合，测序数据还是PicBio HiFi数据，选择hifiasm进行组装是个不错的选择，对于处理PicBi...
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Minimap2（2.20）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/lh3/minimap2#general[https://github...
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在线画circos图，简单易操作1 什么是circos图 （1）Circos图最外圈一般是染色体的示意图，上面的刻度表示染色体的坐标位置。内圈是我们所要展示的数据，每一圈都是以最外圈为坐标，展示相应位置发生...
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使用Misa结合Primer3来批量设计SSR引物
一、何为 SSR ? SSR ( simple sequence repeats ) 即简单重复序列，也称为微卫星 DNA(microsatellite DNA )，在真核生...
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perl：计算fasta的GC含量
导读 我的小骆驼已经六岁了，这几天才自己学着走路。 一、目的 我的fasta文件是下面那个样子，我要统计每条序列的GC碱基与该序列的总碱基比。顺便比较一下每条序列的GC占比与...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
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利用orthofinder寻找单拷贝基因构建系统发育树新的系列系列教程[https://www.jianshu.com/p/10bb4410ae3d]已上传，大家可以去看新的教程 1.orthofinder介绍 OrthoFin...
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blast以后使用python提取比对上的序列简单小例子这里我们用到biopython blast 的输出结果需要保存为 xml 格式 -outfmt 设置为5 首先是blast 构建索引 比对 接下来是python里的操作 导入...
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OrthoFinder2：直系同源基因的寻找以及Orthogroup构建
OrthoFinder2算法解读 1）基因树的构建， 寻找序列之间的同源关系（相似度的计算）：diamond，blast，mmseq2 基因树的推断：DendroBLAST，...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
