基本分析内容 • 基因家族概念• 数据库检索与成员鉴定• 蛋白成员基本特性和基因结构分析• 多序列比对和进化树分析• 保守结构域和模体分析（motif注释...
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基因家族分析1 || 基本概念及数据下载 -
linux || sed（2）
调用sed有三种方式： 在命令行键入命令； 将sed命令插入脚本文件，然后调用sed； 将sed命令插入脚本文件，并使sed脚本可执行。 1.使用sed命令行格式为：sed ...
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Dfam-转座元件TEs数据库
昨天安装RepeatMasker(http://www.repeatmasker.org/RepeatMasker/)这个软件时，官网上提到了两个数据库，一个是Dfam，一个...
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基因结构&mRNA结构真核生物的基因结构包括编码区和非编码区。 编码区 编码区其实是断裂基因结构，也就是不连续基因。具有蛋白编码功能的不连续 DNA 序列称为外显子，外显子之间的非编码序列为内含子...
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几种绘制基因组共线图的方法
1.MCscanMCscan绘制共线图MCscan需要准备cds.fasta和.gff注释文件cds.fasta文件可以从基因组序列中提取 配置layout文件 y：调整染色...
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【康华同学】:优秀生物信息学博客 专注收集优秀的生物信息学博客，欢迎广大博客主投稿！
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从fasta文件中批量提取特定序列
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^raccoon」的原创文章perl实现根据序列ID从提取fa...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选，这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
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用clusterProfile进行非模式物种且没有参考基因组的GO和KEGG富集分析
新组装的基因组并没有上传和生成RefSeq基因组信息。而且一系列需要or.db或者构建or.db的步骤尝试构建数据库都不成功，要么缺乏物种信息，要么缺乏gene symbol...
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基因组估算软件：Genomescope
网页版的Genomescope貌似崩了，一直在运算中，不出结果，因而只好本地安装了 经查阅，应该是conda-forge和default冲突导致的，只使用conda-forg...
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中科院硕博生一枚，用简书来记录自己精读paper和学习生信的过程。
