最近需要获得一批引物,直接交给公司设计较慢,设计过程中需要获得mRNA的序列,于是稍微学习了一下,现记录一下。 先是登陆NCBI网站主页:https://www.ncbi.n...
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CheatSheet 首先先放上 0-based 和 1-based 的cheatsheet FormatTypeUCSC Genome Browser tables(USC...
写在前面 上一章我们得到了 .hic文件,从上图我们清楚的看出可以利用 juicer tools 对.hic 文件进行feature annotation 和 analysi...
推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
虽然是做生物信息的,但是经常被一些基础性概念所困扰……而我又是一个强迫症,于是把这些乱七八糟的东西整理了一下,强行写了一篇小文章。东西太杂,但是彼此相关,实在想不到什么合适的...
TCGA数据库中含有的癌症名称,简写和中文名称 Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothe...
在过去的几十年中,我们逐渐意识到调节染色质结构的过程的复杂性。从染色质可及性到远距离基因组组织,细胞使用了多种机制来控制基因表达。我们最近开始了解非编码RNA(ncR...
在《Salmon 进行转录本定量》[https://www.jianshu.com/p/f62fd85113d3]文章介绍了 Salmon 定量。定量后将数据导入 DESeq...
我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上,然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。 但最近在做小RNA分析时却遇到了没有参考基因组注释文件(g...
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程,适用于初学者入门阅读,从原始测序数据开始,经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤,最终获得基因表达信息。...
How to download All Sra data At Once SRA: Sequence Read Archive: It belongs to NCBI (N...
先上网站链接,这些都不需要安装,直接下载下来就可以用,比较便捷http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 1...
BEDPE 格式类似于 BED 格式,可用于描述成对的基因组区域。由于bed文件原则上不能表示跨染色体的信息,因此,对于结构变异,一般采用的一种基于bed文件的变种文件bed...
Clip 的含义 Clip 作为名词讲,有剪下来的东西的意义,在SAM/BAM 比对文件里面,用于描述那些一条序列上,在序列两端,比对不上的碱基序列(还是很形象的,一条上比对...
STAR 软件安装 软件的GitHub地址为https://github.com/alexdobin/STAR, 下载页面为https://github.com/alexdo...
1 samtools • SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序,还是转录组,还是表观组, 几乎所有...
COUNT: 高通量测序中比对到exon上的reads数。 FPKM: Fragments Per Kilobase of exon model per Million ma...
整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
刘小泽写于2020.2.8大概回顾一下基础知识 一:ORF与CDS ORF:open reading frame(开放阅读框) 它是理论上的蛋白编码区,一般是先在DNA序列中...