此视频来自B站，是非常好和全的的一个GWAS操作的视频，从开始准备软件下载，数据过滤，到最后的候选基因注释。GWAS的实战视频https://www.bilibili.com...
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PLINK+TASSEL做GWAS+Post-GWAS分析 -
R将列表（list）转换成数据框/矩阵
淡水鱼写于2020/2/15 将列表转换成矩阵，接着由矩阵转换成数据框。Eg.a,b,c,d,e均是R中的变量。 1-要掌握matrix()函数的用法，如果list_eg中每...
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大神，我按照步骤运行分析，出现了以下错误，这个怎么解决呐evals[0] = -nan, evals[1] = nan, evals[n-1] = nan
FATAL ERROR : Minimum q eigenvalues of SKS is supposed to be close to zero, but actually 179769313486231570814527423731704356798070567525844996598917476803157260780028538760589558632766878171540458953514382464234321326889464182768467546703537516986049910576551282076245490090389328944075868508455133942304583236903222948165808559332123348274797826204144723168738177180919299881250404026184124858368.0000009.3 GWAS：关联分析——EMMAX
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为，每一个SNP对复杂性状的解释率都很低，每个组件的方差在运算中...
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想问一下，如果从vcf文件里提取一部分样本，snp的数量会变化吗？
GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
在生成raw vcf后，进行SNP和indel提取，便于后续分析。GATK4——gVCF转VCF - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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@Wei_Sun 好哒，谢谢您
6. GWAS：主成分分析——GCTA
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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@Wei_Sun 您是根据群体结构确定的最佳分群数吗？
6. GWAS：主成分分析——GCTA
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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我的admixture分群得出来的是一堆小数，怎么看哪个样本属于哪个群体呀？
6. GWAS：主成分分析——GCTA
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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您好，请问您pop文件中的分组文件是从哪里得来的啊？
6. GWAS：主成分分析——GCTA
利用协方差矩阵，特征值和特征向量将高纬变量投影到数个低维变量的过程； PCA分析的过程就是从千万级别的SNP位点中提取关键信息，以便使用更少的变量就可以对样本进行有效的刻画和...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目， 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
