发简信
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叶绿体基因组组装软件NOVOPlasty使用简介
NOVOPlasty 是一个perl脚本，没有依赖任何其他软件，下载好以后直接可以使用。下载链接https://github.com/ndierckx/NOVOPlasty ...
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GFF文件转换Genbank文件及Mauve多序列比对前言 有很多软件都可以完成gff文件到genbank文件的转换，如脚本：https://github.com/chundruv/GFF-to-GenBank[https://...
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文献笔记七十二：Chloroplot~叶绿体基因组圈图可视化的新工具文章题目 Chloroplot: An Online Program for the versatile plotting of organelle genomes 期刊 f...
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mVISTA格式文件：由Perl脚本处理GenBank注释文件而来
Bioinformatic_Scripts/get_mVISTA_format_from_GenBank_annotation 1、简要说明 mVISTA是常用的叶绿体基因组...
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利用VCF文件构建系统发育树
导读 本文将介绍三种使用VCF文件，构建系统发育树的方法，包括程序的安装，使用，已及系统发育树的可视化与美化。 1. VCF2Dis VCF2Dis[https://gith...
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系统发育树构建简明教程1. 前言 构建一棵系统发育树是研究系统学和进化的基础。然而，发育树的构建是对分类单元进化历史的推测，因此对发育树的可靠性检验也是重中之重。一棵发育树的获得大致分为数据输入、...
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关于叶绿体基因组注释改错
叶绿体基因组在组装注释时是有可能出现错误的，本文主要针对NCBI反馈意见进行修改，NCBI一般会指出哪一段基因注释存在问题。具体解决方法如下第一步打开注释gb文件，查看出错的...
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叶绿体基因组注释软件PGA使用说明
PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
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利用bandage手动组装叶绿体基因组【大致阐述一下操作思路，还没实际应用过】 所需软件：bandage所需文件：①fastg文件；②csv文件（这两个文件都是跑组装程序pbs生成的） 操作步骤： 1.打开ban...
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利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图 【注释部分】 1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物...
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基因组组装和注释理论基因组组装 1.k-mer 那么我们首先要看一下k-mer是什么。它的定义是：是指将一条序列分成包含k个碱基的子字符串，如果reads长度为L，k-mer长度设为k，则产生的...
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基因组组装----SPAdes(一)
关于基因组组装的流程可以参考我的简书:https://www.jianshu.com/p/e02ecd537c83 前面介绍了SOAPdenovo2的使用，但是由于结果整体不...
