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  • 【随笔】既来之则安之

    临毕业不到2年,临床博导一锤定音拒绝湿实验,让我们就做生信!谁能想到,导师本身没有生信背景,却要求自学生信呢? 拖到现在还剩1年多,我的科研进展...

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    【搬砖】计算HRD(first try)

    HRD score = LOH + TAI + LST 参考:Sztupinszki et al, Migrating the SNP arra...

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    【科研工具】Zotero+Zotfile+坚果云实现mac ipad端同步

    一直用endnote,电脑端用得还行,但是个人觉得endnote不同终端的同步有点慢。转手学习Zotero配合坚果云同步,实现ipad端阅读文献...

  • 【血的教训】样本名对应!

    看到这条的朋友们赶紧打开你们的代码,看看你们的matrix列名和临床数据里的样本名的顺序有没有对应上,特别是做过combat合并处理的datas...

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    【搬砖】整理datasets——去除批次效应

    背景 上次选择了一个新开发的跨平台归一化工具 MatchMixeR,(失败了),但是在文章里发现作者把自己的工具与已有的工具进行比较,顺藤摸瓜发...

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    【搬砖】【MatchMixeR无法使用】对不同GPL的microarray测序结果归一化

    分析GEO下载下来的文件,通常单个GEO文件内包含的样本量不够大,用起来结果不太好,因此往往需要考虑将多个GEO文件汇总呈一个compile。G...

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    GPL文件 一个探针对应多个symbol 整理成data.frame 【已解决】

    虽说简单,但对R语言不熟悉的人来说还是需要指点一下,才会用。首先是GPL下载的文件,以GPL96为例。 提取最感兴趣的3列。 好的,接下来需要得...

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    【搬砖】构建预后signature 实践

    Cox 回归模型 写在最开头:诚心推荐解螺旋麦子的Cox回归模型R教学视频!!!如果你对cox还稀里糊涂的,下面的链接,点!15分钟就能GET超...

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    【简单掌握】不同基因表达间的相关系数计算及作图

    相关系数计算:相关系数、P值 相关系数作图 补充ggcorrplot 更详细的作图细节可参考:https://www.jianshu.com/p...