现在很多人都从NCBI上下载高通量测序的SRA文件重新分析利用，想要更加准确地利用这些数据，首先要明确SRA的特征。测序的目的是一方面，建库的类型是一方面，链特异性也是很重要...
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用IGV判断NGS链特异性 -
snv过滤
Errors are known to accumulate in and around homopolymers, inverted repeats and G-rich ...
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搞懂illumina nextera Tn5 和ATAC seq adaptor 序列在准备NGS文库的时候，会有用到转座酶Tn5，Nextera DNA Library Preparation Kit ，比如ATAC-seq就有用到这个Tn5。转座酶携带有特...
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极简佛系算卦工程师～
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小伙子不错吗，写的很好。
机器学习基础（1）- ROC曲线理解
本文用于理解ROC曲线的定义，绘制过程及其应用实现，主要用于自我温习回顾基础 基本目录如下： 什么是ROC曲线？1.1 ROC曲线的历史1.2 ROC曲线的定义1.3 ROC...
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机器学习基础（1）- ROC曲线理解本文用于理解ROC曲线的定义，绘制过程及其应用实现，主要用于自我温习回顾基础 基本目录如下： 什么是ROC曲线？1.1 ROC曲线的历史1.2 ROC曲线的定义1.3 ROC...
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计算测序深度和覆盖度# 概念： 深度（depth）与覆盖度（coverage） 假想实验 对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；...
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单端测序与双末端测序问题
问题 Paired-End测序与Mate-Pair测序相对于单端测序有何优势？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥关系？它们是如何参与拼接和比对的呢？ M...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
