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    Smartseq2 scRNA小鼠发育学习笔记-4-差异分析及功能注释

    刘小泽写于19.10.24笔记目的:根据生信技能树的单细胞转录组课程探索Smartseq2技术及发育相关的分析课程链接在:http://jm.grazy.cn/index/m...

  • 是做了kmeans聚类

    单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞

    公众号后台回复20210418,获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法[https://www.jianshu.com/p/c01f56b...

  • 感觉应该不止是ER(-)PR(-)HER2(-),还有ER(-)PR(-)HER2(2+)&HER2-FISH(-)的病人,大概150几个,但是已发表的文章都没算后一部分患者。

    找出TCGA里面的三阴性乳腺癌样本

    0.需求 从乳腺癌样本中筛选出TNBC样本。 三阴性乳腺癌(TNBC)是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和人表皮生长因子受体-2(Her-...

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    刘小泽学习组合多个单细胞转录组数据

    刘小泽写于19.10.8前几天单细胞天地推送了一篇整合scRNA数据的文章:使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本这次根据推送,再结合自己的理解写一...

  • @王诗翔 最近发现12位同一个病人却有不同的年龄,好奇怪,比如病人ID是
    TCGA-3C-AALI,生存随访都是不同,年龄是50,62,难道意思是这个病人在50岁和62岁都被采样了吗?

    【r<-方案】TCGA barcode(样本ID)以及重名过滤

    我之前在简书上转载过别人写的TCGA barcode介绍,这两天碰到相关的问题,我看了看,觉得不是很清晰,再说道说道。 接触和分析过TCGA数据的朋友肯定会经常处理TCGA ...