本文参考 生信札记[https://www.jianshu.com/u/068665394ccf] 相关内容制作 准备数据: 1.物种内的共线性分析 2.已经鉴定好的基因家族...
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序言 大晚上的不知道干些啥好,想起了之前积累的一个小小的问题。这里搜一下资料,快速的整理出一小篇文章好了~ 内容大概就是 N种phylogenetic tree上不同的数字 ...
写在前面 以前总看到问题是,基因结构可视化的问题;现在则变成了启动子元件的预测或者说可视化。这本身比较简单,也比较玄乎,所以我一直不是太乐意与别人讨论。但学院今天断网,手上的...
建议学习Tbtools软件,仅供参考
常用来判断分子量MW、等电点pI的在线网站
TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析包括基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)基于domain分析成员...
写在前面 TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能,其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced) 几乎覆盖了...
包括基因成员的序列特征分析(分子量等电点等)基于motif分析成员序列保守特征与可视化(蛋白与核酸,可用于挖掘未知,尤其是核酸水平-非编码水平的保守)基于domain分析成员...
写在前面 前天,在学位论文的完善中,有两个疑似ERF成员始终令我困扰。植物转录因子中有个超家族AP2,包括两个亚家族,一个也叫AP2,另一个叫ERF。前者往往含有两个AP2结...
写在前面:非常感谢CJ开发出如此强大的TBtools工具,作者详细讲解了基因家族的分析过程和意义,课程购买地址,讲的很棒,可以试听。 一共分为4个部分TBtools基因家族分...
基因家族流程:基因家族分析(一) 基因家族流程:基因家族分析(二) =====================================================...
退出终端 实用: q:退出clear: 清理屏幕pwd:显示当前位置history:!2 执行历史记录第二条命令Tab键:补齐命令ctrl+c 终止命令ctrl+z 暂停...
楼主写的这里:
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#根据hg19.fa提取CDS序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -y tr_cds.fa
#翻译后蛋白序列
gffread gencode.v19.annotation.gff3 -g hg19.fa -x cds.fa
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是不是写反了?我想提CDS文件,用第一个命令,出来的tr_cds.fa是蛋白文件,
用gffread -h(help命令)看了下,是这样写的:
-x write a fasta file with spliced CDS for each GFF transcript(提CDS?)
-y write a protein fasta file with the translation of CDS for each record(提的CDS文件转成pep?)
所以是不是 “-x” 和“-y” 写反了?
#GTF/GFF格式# gffread入门使用首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html两者的关系如下 GTF (gene ...
现在可以用fasterq-dump, 速度更快,请阅读都8102年了,还用fastq-dump,快换fasterq-dump吧 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤...