前言 我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
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常用的细胞通讯软件:CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]:是公开的人工校正的,储存受体、配体以及两种相互作用...
AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构: 主要包含四个slots:X contains the expression matri...
scRNA-seq整合简介 对两个或两个以上单细胞数据集的整合分析提出了独特的挑战。特别是,在标准工作流下,识别存在于多个数据集中的基因可能存在问题。Seurat v4 包括...
前言 今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求,就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下,我们是不需要用到这个需求,因为通常我们见到的表达量文件是下...
首先来看一下这款软件的功能概况: StepInputsOutputFind Cell barcode whitelistRead 1 fastqwhitelist.txtEx...
Fastq格式文件储存了生物序列的信息及其质量信息。以电脑中的一个文件的为例 1 格式说明 第一行:必须@开头,紧跟唯一的序列的ID标识符,后面可跟其他描述性内容,但序列ID...