中科院研究生在读，努力学习中
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...
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Linux查看服务器内存、磁盘、cpu、网络占用、端口占用情况
1、查看物理CPU个数：cat cat /proc/cpuinfo | grep "physical id" | sort | uniq | wc -l 2、查看服务器CPU...
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使用trim_galore对数据进行质量控制-过滤写在前面参考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]参考2[https://www.jianshu.com...
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bowtie序列比对软件的使用（2019.4.19）
Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工...
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使用「语雀」搭建个人博客
[https://www.yuque.com/yuque] 原文地址：https://www.yuque.com/2book/soft/awxuwy[https://www....
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No.1 第三代测序单分子荧光测序之Pacbio 测序原理
测序原理：边合成边测序 测序特点： 1. 四色荧光基团 分别将四色荧光基团标记在脱氧核苷酸的磷酸基团的末端。当碱基配对完成之后，随着磷酸基团的掉落而掉落，并且不会影响后续的测...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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NCBI下载SRA数据的4种方法作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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GEO2R的limma差异分析流程【芯片microarray数据】附limma+RNAseq参考学习GEO提供的GEO2R在线差异分析工具使用的代码流程。笔记里的代码在理解每一步的基础上，部分做了修改。但大致思路不变，即使用limma包对芯片测序数据进行差异分析(暂...
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我是如何提高自己的「编程能力」的？
上周的投票，大家最关心的还是提高技术，那我们今天就来聊聊这个话题。 之前主要分享的多是算法和数据结构方面（年后继续），因为我认为算法和数据结构是程序员最最最重要的内功，但是并...
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RNA-seq学习：No.6富集分析--GESA如前所说，过表达富集分析有不少缺点。因此以GSEA为代表的FCS方法也是人们所倾向的选择。接下来将简单了解下方法原理，并利用差异分析数据实操一遍~ 1、基础知识 GSEA,g...
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修身 齐家 治国 平天下
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生信Linux常用命令（更新中）
一、压缩和解压缩 1.“.tar.gz”结尾的文件: tar tar -cf newfile.tar file1 file2#将file1，file2文件打包到newfile...
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每天学习一点点<br>
