我来自问自答一波，现在的解决方法是，如果是输入case-con类似的数据，我需要先选子集，比如每个cluster分成单独数据集来跑，group设置成case-con之一，最后将多个cluster细胞的结果合并就好了，合并在楼主的“多图富集”中有方法，基本一样。
不知道对嘛～？😄
单细胞之富集分析-4：分组水平GSVA单细胞富集分析系列： 单细胞之富集分析-1：单细胞GSEA分析流程[https://www.jianshu.com/p/00f069cb239c] 单细胞之富集分析-2：批量...
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您好，看了最后的涉及limma的实验对照组差异分析我不是很明白，请问如果我的数据本来就integrate实验和对照组的数据，且在“orig.ident"类别中有标记patient和health，那我应该怎么开始差异分析呢？对照着您的教程看了很久还是不明白，如果能获得一些帮助就太感谢了！
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