Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站,在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的都很不错。为了下载整个Phytozome数据库，我先后使用了requests库...
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使用Python3下载Phytozome数据库
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外显子、内含子、mRNA,CDS区别关于基因理论知识补充：外显子、内含子、mRNA,CDS区别 1、DNA复制：以DNA为模板，在DNA聚合酶的催化作用下，将四种游离的dNTP按照碱基互补配对原则合成新链DNA...
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[转载]清晰易懂的NGS原理和流程
1 测序技术2FASTA和FASTQ3数据质控4构建WGS主流程理解并操作BAM文件 GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 癌...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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#! /bin/bashbackground 你可能经常会在一个shell script file(.sh文件)，或者一个写满shell scirpt的text文件的开头看到这样一行代码： 为什么要...
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通过blast在基因组中找相似序列人类基因组中存在大量的重复区域，给定一段序列，如何知道这段序列在基因组中是否具有唯一比对，或者具有多个比对？ 一种方法是通过bwa，通过AS和XS 标签判断是否有次优比对；但...
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GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列，要加-s 参数（能区分正反链...
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CRISPR-Cas9基因编辑技术简介CRISPR-Cas9是继ZFN、TALENs等基因编辑技术推出后的第三代基因编辑技术，短短几年内,CRISPR-Cas9技术风靡全球, 成为现有基因编辑和基因修饰里面效率最...
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如何轻松构建物种系统发育树在常规的基因组分析中，当我们对某一物种的基因组进行从头组装与注释获得其的基本信息后，通常会想知道该物种与一些其他近源物种之间的进化关系，此时就需要构建不同物种之间的系统发育树...
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【动植物研究动态】2022年1-3月MP发表的油菜变异数据库、大白菜突变体数据库、GWAS新方法和GS4.0
MP作为国内植物领域神刊，发展非常之快。开年之际，国人就已发表好几项卓越成果。这里摘取几项跟分子育种相关的研究，涉及工具、方法和数据库等资源。 Mol Plant | 华中农...
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GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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生信学习笔记：使用SNP data做基因渗入分析 (1)
最近想用自己有的数据做一下基因渗入的分析。由于之前没有了解过太多这方面的知识，于是从github上找到了一份不错的教程，借此机会与大家一起学习一下。 该教程的总结 随机测序生...
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群体遗传分析—LD连锁不平衡本文转载于百迈克云(https://www.sohu.com/a/234594093_761120) 在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的...
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Call变异？就是召唤啦！刘小泽写于18.8.10，补充于18.8.14-15这之间经历了第一期授课结课，（回中山办购房手续）遥墙机场读了100多页生信书籍，飞往珠海机场被台风滞留（差点回不了中山的家...
