发简信
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Two-Way ANOVA前言 Two-Way ANOVA由于有两个自变量，在考虑两个变量单独对应变量影响的同时，还需要考虑交互作用 当ANOVA结果显示交互作用差异显著...
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Pheatmap转ggplot2
问题 pheatmap出的热图添加脚注、拼图等都非常麻烦 老的解决方案 由于pheatmap是基于grid画图的，因此可以用grid的语句添加注...
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使用DESeq2标准化之后的数据进行PCA、聚类等可视化
DESeq2进行数据标准化的命令有多种 counts(dds, normalized=T) rlog、VST 两者的区别在于 前者 are “o...
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【R】批量T检验
注意事项 本代码适用于Student T检验，别的统计方法需要改代码 本代码中默认数据符合正态分布且方差齐，如果数据对这两项敏感，则需要提前检验...
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【R】不使用EXPORT包，导出图片到PPT
最近EXPORT包从CRAN下架了。虽然还是可以下载到旧版本进行本地安装。但是在实际出图的时候很可能报错： 原因是EXPORT的依赖包RVG在更...
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标准化、归一化和数据转换
高通量数据分析过程中常见的三个概念，非常容易混淆。 标准化 Data Scaling 为了使不同变量之间可以比较，例如 转录组中有些基因本身表达...
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【R】批量完成Oneway ANOVA，并以Mean±SD格式（带差异标记）导出到EXCEL批量完成Oneway ANOVA之前其实就写过，但是老的代码对刚入门R语言的人可能还是不太友好，因此又修改了一版。这一版的代码可以说即使不懂R语...
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用ggplot2画Pathway气泡图
成品图 横坐标为pathway impact 纵坐标为pathway名称。这里是我瞎编的 气泡的颜色代表p值 气泡的大小代表富集到的代谢物数量。...
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用ggplot2画代谢集富集分析（MSEA）图MSEA 什么是MSEA MSEA，Metabolite Set Enrichment Analysis，代谢集富集分析，是代谢组数据分析方法的...